Espèces protégées – Environnement / Déchets : FAQ juridique

📘 L’Essentiel
L’ établit un cadre juridique pour protéger les espèces animales et végétales, interdisant leur destruction et la dégradation de leurs habitats. L’article L. 411-2 permet des dérogations sous certaines conditions, tandis que l’article R. 411-6 précise que ces dérogations sont accordées par le préfet. L’article L. 181-2 stipule que l’autorisation environnementale remplace plusieurs autorisations, et l’article L. 171-7 confère au préfet le pouvoir de mettre en demeure l’exploitant en cas d’irrégularité.
💡 Questions / Réponses juridiques

Quel est le cadre juridique concernant la protection des espèces protégées ?

L’ établit un ensemble d’interdictions visant à assurer la conservation des espèces animales et végétales protégées ainsi que de leurs habitats. Il est stipulé que sont interdits :

1. La mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, ainsi que la perturbation intentionnelle d’animaux de ces espèces.
2. La destruction, l’altération ou la dégradation de leurs habitats naturels.

Cependant, l’article L. 411-2 du même code permet à l’autorité administrative de délivrer des dérogations à ces interdictions, sous trois conditions distinctes et cumulatives :

– L’absence de solution alternative satisfaisante.
– La condition de ne pas nuire au maintien des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle.
– La justification de la dérogation par l’un des motifs énumérés, parmi lesquels figure la nécessité d’un projet répondant à une raison impérative d’intérêt public majeur.

Quel est le rôle du préfet dans la délivrance des dérogations ?

Selon l’, les dérogations sont accordées par le préfet. Toutefois, lorsque la dérogation est sollicitée pour un projet relevant de l’article L. 181-1, l’autorisation environnementale prévue par cet article tient lieu de la dérogation définie par le 4° de l’article L. 411-2. La demande est alors instruite et délivrée selon les conditions prévues par le chapitre unique du titre VIII du livre Ier pour l’autorisation environnementale.

Cela signifie que le préfet a un rôle central dans l’évaluation des demandes de dérogation et doit s’assurer que toutes les conditions légales sont remplies avant de délivrer une autorisation.

Quel est le contenu de l’article L. 171-7 du code de l’environnement ?

L’ stipule que, indépendamment des poursuites pénales, lorsque des installations ou ouvrages sont exploités sans avoir fait l’objet de l’autorisation requise, l’autorité administrative peut mettre l’intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai déterminé, qui ne peut excéder un an. Elle peut également ordonner le paiement d’une amende pouvant atteindre 45 000 euros et suspendre le fonctionnement des installations jusqu’à ce qu’il ait été statué sur la demande d’autorisation.

Cet article confère à l’autorité administrative des pouvoirs significatifs pour garantir le respect des réglementations environnementales, en permettant des mesures conservatoires et des sanctions financières.

Quel est l’impact de l’autorisation environnementale sur les dérogations ?

L’ précise que l’autorisation environnementale tient lieu de diverses autorisations, y compris les dérogations aux interdictions édictées pour la conservation des espèces animales non domestiques. L’article L. 181-3 ajoute que cette autorisation ne peut être accordée que si elle respecte les conditions fixées pour la délivrance de la dérogation.

Cela signifie que l’autorisation environnementale intègre les exigences relatives à la protection des espèces, et que toute demande d’autorisation doit démontrer qu’elle ne nuira pas à la conservation des espèces protégées.

Quel est le principe de la mise en demeure par le préfet ?

Le préfet a l’obligation de mettre en œuvre les pouvoirs qu’il détient de l’ lorsqu’une installation classée pour la protection de l’environnement est exploitée sans dérogation « espèces protégées ». Cela inclut la mise en demeure de l’exploitant de régulariser sa situation par le dépôt d’une demande de dérogation dans un délai déterminé.

Ce principe s’applique même si l’installation n’est pas encore exploitée ou si les travaux de construction n’ont pas encore commencé, si des circonstances nouvelles montrent que ces travaux ou le fonctionnement de l’installation pourraient présenter un risque pour les espèces protégées.

Quel a été le motif du rejet de la demande des associations par la cour administrative d’appel ?

La cour administrative d’appel a rejeté la demande des associations en se fondant sur le fait que le parc en litige n’avait pas encore été mis en service ni même construit. Elle a considéré que cela excluait la possibilité pour l’autorité administrative de prononcer une mise en demeure.

Cependant, cette interprétation a été jugée erronée par le Conseil d’État, qui a souligné que le préfet a l’obligation d’agir si l’exploitation présente un risque pour les espèces protégées, indépendamment de l’état d’avancement du projet.

🏛️ Exemple de jurisprudence en Espèces protégées : Conseil d’État, 6ème – 5ème chambres réunies, 16/12/2025, 494931
Dans cette affaire, deux associations, l’une dédiée à la défense du patrimoine et l’autre à la protection des sites, ont contesté une décision implicite du préfet de la Côte-d’Or qui avait rejeté leur demande d’enjoindre à une société d’énergie de soumettre une demande de dérogation pour la destruction d’espèces protégées. Les associations ont saisi la cour administrative d’appel de Lyon, qui a rejeté leur requête par un arrêt en avril 2024. En réponse, les associations ont formé un pourvoi devant le Conseil d’État, demandant l’annulation de cet arrêt et la mise à la charge solidaire de l’État et de la société d’énergie d’une somme au titre des frais de justice.

L’affaire remonte à un arrêté de 2016, par lequel le préfet avait autorisé la société d’énergie à exploiter des aérogénérateurs sur le territoire d’une commune. Cette autorisation avait été annulée par un tribunal administratif en 2018, mais la cour administrative d’appel avait ensuite régularisé la situation par des décisions successives. En mars 2023, les associations avaient demandé au préfet d’enjoindre la société à déposer une demande de dérogation, mais cette demande avait été refusée.

La cour administrative d’appel a justifié son rejet en affirmant que, puisque le parc n’était pas encore en service, le préfet n’avait pas le pouvoir d’ordonner une telle mise en demeure. Cependant, le Conseil d’État a estimé que cette interprétation était erronée, soulignant que le risque pour les espèces protégées devait être pris en compte même si le projet n’était pas encore opérationnel. En conséquence, le Conseil d’État a annulé l’arrêt de la cour administrative d’appel et a ordonné à l’État et à la société d’énergie de verser des sommes aux associations requérantes..

Source : Conseil d’État, 6ème – 5ème chambres réunies, 16/12/2025, 494931

🇫🇷 FAQ juridique LegalPlanet.pro rédigée à partir de cette décision de justice Conseil d’État, 6ème – 5ème chambres réunies, 16/12/2025, 494931 – Thématiques associés : Environnement / Déchets – Espèces protégées – Paternité des données brutes : Ministère de la justice – Licence Open Data – Date de dernière mise à jour des données réutilisées 23 décembre 2025