Licenciement pour inaptitude : comment prouver l’origine professionnelle de sa maladie pour obtenir des indemnités ? – Cour d’appel de Limoges, 2 avril 2026, N° de RG 25/00404

Décision analysée : Cour d’appel de Limoges, 2 avril 2026, N° de RG 25/00404
Thématiques : Travail / Licenciement — Origine professionnelle

📘 L’essentiel

La prescription des actions en paiement d’indemnités liées à la rupture du contrat de travail est de douze mois, débutant à la notification de la rupture. En l’espèce, le délai a commencé le 19 septembre 2019 et s’est achevé le 19 septembre 2020, rendant la requête déposée le 21 septembre 2020 irrecevable. Concernant l’indemnité compensatrice de congés payés, le délai de prescription est de trois ans, et la demande est recevable, car elle a été faite dans le délai imparti..


Source : Cour d’appel de Limoges, 2 avril 2026, N° de RG 25/00404

🧾 Résumé de l’affaire

🏛️ Source : Cour d’appel de Limoges, 2 avril 2026, N° de RG 25/00404

La société de transport interurbain a engagé un conducteur receveur en 1976, dont le contrat a été transféré à une autre société en 1995. Ce salarié a exercé plusieurs mandats syndicaux et a été placé en arrêt de travail en 2016, avant d’être licencié pour inaptitude en 2019. Il a déclaré une maladie professionnelle, mais la caisse primaire d’assurance-maladie a refusé la prise en charge. Après un avis d’inaptitude, l’Inspection du travail a autorisé le licenciement, qui a été contesté par le salarié devant le tribunal administratif.

Parallèlement, le tribunal des affaires de sécurité sociale a reconnu la prise en charge de sa pathologie au titre de la législation professionnelle. Le salarié a ensuite saisi le conseil de prud’hommes pour faire reconnaître le caractère professionnel de son inaptitude et obtenir des indemnités de rupture. Le conseil a ordonné un sursis à statuer en attendant le jugement administratif, puis a déclaré l’affaire territorialement incompétente.

Le tribunal administratif a finalement rejeté la demande d’annulation de l’autorisation de licenciement. En mai 2025, le conseil de prud’hommes a jugé que les demandes du salarié concernant la rupture du contrat étaient prescrites, mais a reconnu le licenciement comme fondé sur une inaptitude d’origine non professionnelle. Il a condamné la société à verser des congés payés au salarié, tout en déboutant les demandes d’indemnités supplémentaires.

Le salarié a interjeté appel, demandant la reconnaissance de l’inaptitude professionnelle et des indemnités correspondantes. Il a soutenu que ses demandes étaient recevables malgré la prescription, en raison de la fermeture du greffe pendant la pandémie. L’employeur a contesté la recevabilité des demandes et a soutenu que le licenciement était justifié par une inaptitude non professionnelle. Le litige a ainsi été porté devant la cour, qui a confirmé certaines décisions tout en infirmant d’autres, notamment en ce qui concerne les indemnités compensatrices de congés payés.

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💡 Questions / réponses juridiques

Quel est le délai de prescription applicable aux actions portant sur la rupture du contrat de travail ?

Le délai de prescription applicable aux actions portant sur la rupture du contrat de travail est de douze mois à compter de la notification de la rupture, conformément à l’. L’action par laquelle le salarié demande paiement de l’indemnité spéciale de licenciement est une action se rattachant à la rupture du contrat de travail (Soc., 21 juin 2023, n°22-10.539).

Quelle est la date de départ du délai de prescription pour les demandes d’indemnités liées à la rupture du contrat de travail ?

Le délai de prescription court à compter de la date de réception par le salarié de la lettre recommandée notifiant la rupture, comme l’indiquent les décisions de la Cour de cassation (Soc., 21 mai 2025, n° 24-10.009, publié). En l’espèce, le salarié a été licencié par lettre recommandée du 17 septembre 2019, et le délai de prescription s’achevait le 19 septembre 2020.

Quels sont les effets de la fermeture du greffe sur le délai de prescription ?

La fermeture du greffe ne proroge pas le délai de prescription. Les dispositions relatives à la computation des délais de notification des actes de procédure ne sont pas applicables en matière civile. Ainsi, le délai de prescription est acquis lorsque le dernier jour du terme est accompli (2e Civ., 7 avril 2016, pourvoi n° 15-12.960, Bull. 2016, II, n° 97).

Quelle est la nature de l’indemnité compensatrice de congés payés et son délai de prescription ?

L’indemnité compensatrice de congés payés a une nature salariale, et le délai de prescription applicable est celui de l’, qui dispose que l’action en paiement se prescrit par trois ans à compter du jour où le créancier a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant de l’exercer.

Quels sont les critères pour établir la prise en compte des périodes d’arrêt de travail pour maladie professionnelle dans le calcul des congés payés ?

Selon l’, les périodes d’arrêt de travail pour cause d’accident du travail ou de maladie professionnelle sont considérées comme périodes de travail effectif pour la détermination de la durée du congé. Toutefois, la version antérieure à la limitait cette prise en compte à une durée ininterrompue d’un an.

Quelle est la portée de la jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne sur le droit aux congés payés en cas de maladie ?

La jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne stipule que le droit au congé annuel payé ne peut être subordonné à l’obligation d’avoir effectivement travaillé pendant la période de référence, ce qui implique que les travailleurs en congé maladie doivent être traités de la même manière que ceux qui ont effectivement travaillé (Soc., 13 septembre 2023, pourvoi n° 22-17.638, publié au rapport annuel).

Quels sont les critères pour déterminer l’origine de l’inaptitude dans le cadre d’un licenciement ?

L’origine de l’inaptitude est déterminée par la prise en charge de la pathologie par la CPAM au titre des maladies professionnelles. En l’espèce, le refus de prise en charge par la CPAM a été un élément déterminant pour qualifier l’inaptitude d’origine non professionnelle, ce qui a conduit à la confirmation du licenciement sur cette base.

Quelle est la méthode de calcul de l’indemnité compensatrice de congés payés en cas de rupture du contrat de travail ?

L’indemnité compensatrice de congés payés est calculée sur la base des jours de congés acquis pendant la période d’arrêt de travail. La méthode de calcul doit prendre en compte les jours de congés acquis et leur valeur monétaire, conformément aux dispositions de l’.

Quels sont les critères pour l’application de l’indemnité conventionnelle des 5/30ème ?

L’indemnité conventionnelle des 5/30ème est due au salarié qui n’a pas pu prendre ses congés en raison de la rupture du contrat de travail. Elle est calculée sur la base des indemnités de congés payés dues, conformément à l’article 12 de l’accord d’entreprise du 19 mai 2004, qui stipule que cette indemnité est due même en cas de rupture du contrat.

🔎 Références