Procédure devant la cour après l’arrêt avant dire droit du 30 décembre 2022 :

Par des mémoires et pièces enregistrés les 26 septembre 2023, 24 mai 2024, 16 avril 2025, 2 septembre 2025, 3 octobre 2025, 13 février 2026, 1er avril 2026, 7 avril 2026 et 23 juillet 2026, le préfet de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur et des Bouches-du-Rhône a transmis à la cour les actes accomplis afin de procéder à la régularisation de l’arrêté en litige.

La SAS CT Log International ainsi que les associations Agir pour la Crau, NACICCA et FNE 13 n’ont pas produit d’observations à la suite de la communication de ces éléments.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

– le code de l’environnement ;

– l’ordonnance n° 2017-80 du 26 janvier 2017 ;

– l’arrêté du 23 avril 2007 fixant les listes des insectes protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

– l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

– l’arrêté du 19 novembre 2007 fixant les listes des amphibiens et des reptiles protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

– l’arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

– le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

– le rapport de M. Flavien Cros ;

– et les conclusions de M. Olivier Guillaumont, rapporteur public.

Considérant ce qui suit :

1. Les associations Agir pour la Crau, NACICCA et FNE 13 ont demandé au tribunal administratif de Marseille d’annuler l’arrêté du 3 mars 2016 par lequel le préfet des Bouches-du-Rhône a autorisé, sous réserve du respect de prescriptions complémentaires, la SAS CT Log International à exploiter un bâtiment à usage d’entrepôt logistique dénommé S2 et situé au lieu-dit Mas de Leuze, secteur Boussard Sud, sur le territoire de la commune de Saint-Martin-de-Crau. Par un jugement n° 1701528 du 22 janvier 2020, le tribunal a annulé cet arrêté. Saisie en appel par la SAS CT Log International, la cour a, par un arrêt avant dire droit du 30 décembre 2022, annulé ce jugement en raison d’une irrégularité l’affectant et, statuant par la voie de l’évocation, sursis à statuer sur la demande d’annulation de l’arrêté attaqué, sur le fondement du 2° du I de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, jusqu’à ce que le préfet des Bouches-du-Rhône ait procédé à la transmission d’un arrêté de régularisation de deux vices tenant, d’une part, à l’irrégularité de l’avis environnemental rendu sur le projet et, d’autre part, à l’absence de dérogation au régime des espèces protégées. L’arrêt a imparti au préfet un délai de quatre ou douze mois pour procéder à cette régularisation, selon que l’avis régulier de l’autorité environnementale nécessite ou non une enquête publique complémentaire.

Sur les conclusions à fin d’annulation de l’arrêté du 3 mars 2016 :

2. Aux termes du I de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, dans sa version applicable au litige : « Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre une autorisation environnementale, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés / (…) 2° Qu’un vice entraînant l’illégalité de cet acte est susceptible d’être régularisé par une autorisation modificative peut, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, surseoir à statuer jusqu’à l’expiration du délai qu’il fixe pour cette régularisation. Si une telle autorisation modificative est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations ».

3. Le sursis à statuer a pour objet de permettre la régularisation de l’autorisation attaquée. Cette régularisation implique l’intervention d’une décision complémentaire qui corrige le vice dont est entachée la décision attaquée. S’il constate que la régularisation a été effectuée, le juge rejette le recours dont il est saisi. En revanche, si aucune mesure de régularisation ne lui est notifiée, il appartient au juge de prononcer l’annulation de l’autorisation litigieuse.

En ce qui concerne l’avis de l’autorité environnementale :

4. Pour l’application des dispositions précitées du 2° du I de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, l’avis de l’autorité environnementale recueilli à titre de régularisation doit être rendu en tenant compte d’éventuels changements significatifs des circonstances de fait.

5. Ainsi que l’a prescrit la cour aux points 34 à 39 de l’arrêt avant dire droit du 30 décembre 2022, un nouvel avis sur le projet de la SAS CT Log International a été émis le 18 novembre 2024 par la mission régionale d’autorité environnementale Provence-Alpes-Côte d’Azur. Cet avis a été rendu au regard d’une nouvelle étude d’impact actualisée en avril 2024 tenant compte des changements significatifs des circonstances de fait intervenus depuis l’étude d’impact initiale de 2011, résultant notamment du changement d’exploitant, de l’achèvement des travaux de construction et de la mise en exploitation de l’entrepôt à compter de 2016. Cet avis a été versé au dossier de l’enquête publique complémentaire organisée du 24 octobre au 24 novembre 2025, dans le cadre de laquelle le public a pu présenter ses observations. A l’issue de cette enquête, le commissaire-enquêteur a rendu le 22 décembre 2025 un rapport ainsi que des conclusions motivées et un avis favorable assorti de deux recommandations. Enfin, le 27 mars 2026, le préfet des Bouches-du-Rhône a, au regard de ce nouvel avis et des résultats de l’enquête publique, édicté un arrêté modificatif de l’arrêté en litige. Dans ces conditions, le vice tiré de l’irrégularité de l’avis de l’autorité environnementale initialement émis le 5 juillet 2013 a été régularisé.

En ce qui concerne l’absence de dérogation au régime des espèces protégées :

6. Le système de protection des espèces résultant des dispositions des articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement impose d’examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l’applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l’état de conservation des espèces protégées présentes. Le pétitionnaire doit obtenir une dérogation « espèces protégées » si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. A ce titre, les mesures d’évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire doivent être prises en compte. Dans l’hypothèse où les mesures d’évitement et de réduction proposées présentent, sous le contrôle de l’administration, des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé, il n’est pas nécessaire de solliciter une dérogation « espèces protégées ».

7. Il résulte de l’instruction que deux autorisations de déroger à l’interdiction de destruction, altération ou dégradation d’habitats ou d’individus d’espèces animales protégées, dont la légalité n’a pas été contestée et qui sont devenues définitives, ont été délivrées les 18 et 20 juillet 2012 au précédent porteur du projet concernant six espèces d’oiseaux (outarde canepetière, œdicnème criard, cochevis huppé et bruant proyer), de mammifère (pipistrelle pygmée) et de reptile (lézard ocellé), pendant la durée des travaux de construction et d’aménagement des plates-formes logistiques et jusqu’au 31 décembre 2015. Aux points 22 et 23 de l’arrêt avant dire droit du 30 décembre 2022, la cour a relevé, d’une part, que ces deux dérogations n’étaient plus en vigueur à la date de l’arrêté en litige, le 3 mars 2016 et, d’autre part, que l’exploitation du site d’implantation du projet ne pouvait être autorisée qu’à la condition que ces dérogations demeurent en vigueur dès lors qu’elle entraînait nécessairement une telle destruction, altération ou dégradation. La cour en a déduit que l’arrêté en litige est illégal en tant qu’il ne comporte pas une telle dérogation. Il résulte cependant de l’étude d’impact réalisée en avril 2024 aux fins de régularisation de cet arrêté et de son volet naturel que, dès lors que l’entrepôt en cause est déjà construit depuis 2016, la livraison des travaux ayant été prononcée avec réserves par procès-verbal du 2 juin 2016, son exploitation n’entraîne par elle-même que des impacts bruts de niveau nul, très faible ou faible concernant l’ensemble des habitats et individus d’espèces animales présentes dans la zone du projet, hormis pour le lézard ocellé sur lequel l’impact brut est qualifié de modéré. Cette étude ajoute que les impacts résiduels de l’exploitation du projet, après prise en compte des trois mesures de réduction proposées par la société pétitionnaire concernant le milieu naturel, sont de niveau faible pour le lézard ocellé et de niveau négligeable à très faible pour les autres espèces animales. L’étude d’impact prévoit également un dispositif de suivi et d’évaluation de ces mesures de réduction. En outre, l’arrêté préfectoral de régularisation du 27 mars 2026 comporte des prescriptions complémentaires relatives à l’habitat des espèces animales à enjeux présentes dans la zone. Compte tenu de l’ensemble de ces éléments produits après l’arrêt avant dire droit, qui ne sont pas contestés par les associations intimées, le risque que l’exploitation de l’entrepôt S2 comporte pour les espèces protégées n’apparaît pas suffisamment caractérisé pour justifier la nécessité d’une dérogation au régime de ces espèces. Dès lors, ce vice doit être regardé comme régularisé.

En ce qui concerne l’atteinte aux intérêts protégés par l’article L. 511-1 du code de l’environnement :

8. Aux termes de l’article L. 511-1 du code de l’environnement : « Sont soumis aux dispositions du présent titre les (…) installations exploitées ou détenues par toute personne physique ou morale, publique ou privée, qui peuvent présenter des dangers ou des inconvénients (…) pour la protection de la nature, de l’environnement et des paysages, soit pour l’utilisation économe des sols naturels, agricoles ou forestiers (…) ». Aux termes de l’article L. 512-1 du même code, dans sa rédaction issue de l’article 5 de l’ordonnance du 26 janvier 2017 relative à l’autorisation environnementale, rendue applicable aux autorisations d’exploiter délivrées avant le 1er mars 2017 en vertu de l’article 15 de cette ordonnance : « Sont soumises à autorisation les installations qui présentent de graves dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés à l’article L. 511-1. / L’autorisation, dénommée autorisation environnementale, est délivrée dans les conditions prévues au chapitre unique du titre VIII du livre Ier ». Aux termes de l’article L. 181-3 du même code, créé par l’article 1er de la même ordonnance et rendu applicable aux autorisations d’exploiter délivrées avant le 1er mars 2017 en vertu de l’article 15 de cette ordonnance : « I. – L’autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu’elle comporte assurent la prévention des dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés aux articles (…) L. 511-1 (…). / II. – L’autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu’elle comporte assurent également : / (…) 4° Le respect des conditions, fixées au 4° de l’article L. 411-2, de délivrance de la dérogation aux interdictions édictées pour la conservation (…) d’habitats naturels, des espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, lorsque l’autorisation environnementale tient lieu de cette dérogation (…) ».

9. Dans l’exercice de ses pouvoirs de police administrative en matière d’installations classées pour la protection de l’environnement, il appartient à l’autorité administrative d’assortir l’autorisation d’exploiter délivrée en application de l’article L. 512-1 du code de l’environnement des prescriptions de nature à assurer la protection des intérêts mentionnés à l’article L. 511-1 du même code, en tenant compte des conditions d’installation et d’exploitation précisées par le pétitionnaire dans le dossier de demande, celles-ci comprenant notamment les engagements qu’il prend afin d’éviter, réduire et compenser les dangers ou inconvénients de son exploitation pour ces intérêts.

10. En vertu du I de l’article L. 411-1 du code de l’environnement, « lorsqu’un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l’écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites (…) d’habitats naturels, d’espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats », sont notamment interdites la destruction et la perturbation intentionnelle des espèces animales protégées, la destruction de végétaux protégés ainsi que la destruction, l’altération ou la dégradation de leurs habitats. Toutefois, les dispositions du 4° du I du l’article L. 411-2 du même code permettent de déroger à ces interdictions dans les strictes conditions qu’elles précisent, parmi lesquelles figure dans tous les cas celle que « la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle ».

11. Il résulte de ces dispositions combinées avec celles citées des articles L. 511-1, L. 512-1 et L. 181-3 du code de l’environnement que, lorsque la construction et le fonctionnement d’une installation classée pour la protection de l’environnement nécessitent la délivrance d’une dérogation au titre de l’article L. 411-2 du même code, les conditions d’octroi de cette dérogation contribuent à l’objectif de protection de la nature mentionné à son article L. 511-1. Pour autant, lorsqu’elles lui apparaissent nécessaires, eu égard aux particularités de la situation, pour assurer la protection des intérêts mentionnés à cet article, le préfet doit assortir l’autorisation d’exploiter qu’il délivre de prescriptions additionnelles. A cet égard, ce n’est que dans le cas où il estime, au vu d’une appréciation concrète de l’ensemble des caractéristiques de la situation qui lui est soumise et du projet pour lequel l’autorisation d’exploitation est sollicitée, que même l’édiction de telles prescriptions additionnelles ne permet pas d’assurer la conformité de l’exploitation aux dispositions de l’article L. 511-1 du code de l’environnement, qu’il ne peut légalement délivrer cette autorisation.

12. Enfin, aux termes de l’article L. 163-1 du code de l’environnement, dans sa rédaction applicable au litige : « I. – Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité sont les mesures prévues au 2° du II de l’article L. 110-1 et rendues obligatoires par un texte législatif ou réglementaire pour compenser, dans le respect de leur équivalence écologique, les atteintes prévues ou prévisibles à la biodiversité occasionnées par la réalisation d’un projet de travaux ou d’ouvrage (…). / Elles visent à éviter les pertes nettes de biodiversité pendant toute la durée des atteintes ou, à défaut, lorsque la complexité ou les délais nécessaires à leur mise en œuvre ne le permettent pas, à compenser les éventuelles pertes nettes intermédiaires dans un délai raisonnable, pertinent d’un point de vue écologique et indiqué dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet, en visant, à l’expiration de ce délai le cas échéant, une absence de perte nette, voire un gain de biodiversité. Elles ne peuvent pas se substituer aux mesures d’évitement et de réduction. Si les atteintes liées au projet ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, celui-ci n’est pas autorisé en l’état. / II. – Toute personne soumise à une obligation de mettre en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité y satisfait soit directement, soit en confiant, par contrat, la réalisation de ces mesures à un opérateur de compensation défini au III du présent article, soit en acquérant des unités de compensation, de restauration ou de renaturation dans le cadre d’un site naturel de compensation, de restauration et de renaturation défini à l’article L. 163-1 A. Lorsque la compensation porte sur un projet, un plan ou un programme soumis à évaluation environnementale, la nature des compensations proposées par le maître d’ouvrage est précisée dans l’étude d’impact présentée par le pétitionnaire avec sa demande d’autorisation. / Dans tous les cas, le maître d’ouvrage reste seul responsable à l’égard de l’autorité administrative qui a prescrit ces mesures de compensation. / (…) Les mesures de compensation sont mises en œuvre en priorité sur le site endommagé ou, en tout état de cause, en proximité fonctionnelle avec celui-ci afin de garantir ses fonctionnalités de manière pérenne. Une même mesure peut compenser différentes fonctionnalités. / (…) III. – Un opérateur de compensation est une personne publique ou privée chargée, par une personne soumise à une obligation de mettre en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité, de les mettre en œuvre pour le compte de cette personne et de les coordonner à long terme ».

13. D’une part, les associations Agir pour la Crau, NACICCA et FNE 13 se prévalent des effets du projet autorisé par l’arrêté du 3 mars 2016 sur douze espèces animales et leurs habitats. Toutefois, il ressort du volet naturel de l’étude d’impact du 27 novembre 2011, sur la base duquel cet arrêté a été délivré et dont les indications ne sont pas remises en cause par les associations, que, sur ces douze espèces, l’impact résiduel du projet après prise en compte des cinq mesures de réduction sur lesquelles s’est engagé le pétitionnaire d’alors, la SCI Boussard Sud, aux droits duquel est venue la SAS CT Log International, mesures dont l’article 1.3.1 de l’arrêté en litige rappelle le caractère obligatoire pour la réalisation et l’exploitation du projet, est estimé très faible pour une espèce protégée (minioptère de Schreibers) et faible pour sept autres espèces protégées (lézard ocellé, busard cendré, circaète Jean-le-Blanc, rollier d’Europe, petit murin, grand murin et murin à oreilles échancrées). Il est vrai que cet impact résiduel reste, pour les quatre dernières espèces en cause, de niveau modéré (œdicnème criard et pipistrelle pygmée) à fort (bupreste de Crau et outarde canepetière). Toutefois, outre que l’une de ces espèces (bupreste de Crau) ne figure pas au nombre des espèces protégées par l’arrêté ministériel pertinent (arrêté du 23 avril 2007 fixant les listes des insectes protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection), en tout état de cause, le pétitionnaire s’est engagé à prendre une mesure de compensation visant à restaurer l’habitat de ces quatre espèces sur un autre terrain situé dans la plaine de la Crau pendant une durée de trente ans. Cette mesure, qui avait été reprise et précisée dans les deux arrêtés des 18 et 20 juillet 2012 portant dérogation au régime des espèces protégées, valables jusqu’au 31 décembre 2015, et à laquelle renvoie l’article 1.3.1 de l’arrêté attaqué, a été mise en œuvre par la conclusion, le 4 octobre 2013, d’une convention avec la société CDC Biodiversité, par laquelle le pétitionnaire s’est engagé à payer le prix de 57 unités d’échange, soit 57 hectares, au sein du site naturel de compensation de Cossure, lequel correspond à un ancien verger industriel de 380 hectares que la société CDC Biodiversité a acquis afin de reconstituer une végétation de pelouse sèche rase offrant un habitat favorable à plusieurs espèces faunistiques emblématiques de la Crau sèche, dont les quatre espèces précitées. Cette opération a effectivement été mise en place. Si les associations soutiennent que ce site de compensation est éloigné de plus de quinze kilomètres du terrain d’assiette du projet, il résulte de l’instruction que ce site est situé sur le territoire de la même commune (Saint-Martin-de-Crau), relève de la même entité géographique (plaine de la Crau) et se trouve dans la continuité de la réserve naturelle des Coussouls de Crau, de laquelle le terrain d’assiette du projet n’est distant que d’environ 2 à 3,5 kilomètres. Par ailleurs, la surface de 57 hectares sur laquelle s’est engagé le pétitionnaire dans la convention du 4 octobre 2013 représente près de huit fois la surface du projet autorisé par l’arrêté attaqué (entrepôt S2) qui est de 7,24 hectares et équivaut à la totalité de l’emprise du secteur Boussard Sud destiné à accueillir un total de quatre entrepôts (S1, S2, SMC 6 et SMC 7). Dès lors, il n’est pas démontré que cette mesure ne permettrait pas de compenser les impacts résiduels du projet sur les quatre espèces précitées, ni qu’elle serait insuffisante au regard des dispositions de l’article L. 163-1 du code de l’environnement.

14. D’autre part, les associations invoquent la perte de fonctionnalité écologique globale du secteur du Mas de Leuze. Si une telle perte de fonctionnalité est expressément reconnue dans le volet naturel de l’étude d’impact du 27 novembre 2011, il ne résulte pas de l’instruction que cette perte n’aurait pas été, de façon globale, suffisamment compensée par la mesure de compensation examinée au point précédent.

15. Dans ces conditions, l’arrêté du 3 mars 2016 permet d’assurer la conformité de l’exploitation aux intérêts protégés par l’article L. 511-1 du code de l’environnement, sans qu’il puisse être fait grief au préfet de ne pas avoir assorti cet arrêté de prescriptions complémentaires.

En ce qui concerne le caractère suffisant de l’étude d’impact sur le climat :

16. Aux termes de l’article R. 512-8 du code de l’environnement, dans sa rédaction applicable au litige : « I. – Le contenu de l’étude d’impact mentionnée à l’article R. 512-6 doit être en relation avec l’importance de l’installation projetée et avec ses incidences prévisibles sur l’environnement, au regard des intérêts mentionnés aux articles L. 211-1 et L. 511-1. / II. – Le contenu de l’étude d’impact est défini à l’article R. 122-5 (…) ». Selon le II de ce dernier article : « L’étude d’impact présente : / (…) 2° Une analyse de l’état initial de la zone et des milieux susceptibles d’être affectés par le projet, portant notamment sur (…) les facteurs climatiques (…) ; / 3° Une analyse des effets négatifs et positifs, directs et indirects, temporaires (y compris pendant la phase des travaux) et permanents, à court, moyen et long terme, du projet sur l’environnement, en particulier sur les éléments énumérés au 2° (…) ; / 4° Une analyse des effets cumulés du projet avec d’autres projets connus (…) ».

17. Si les associations intimées font valoir que l’étude d’impact serait insuffisante concernant les effets du projet sur les facteurs climatiques et notamment sur les émissions de gaz à effet de serre générées par les entrées et sorties de camions, ces éléments d’information ont été fournis dans l’étude d’impact réalisée en avril 2024 postérieurement à l’arrêt avant dire droit, sur laquelle les associations n’ont pas formulé d’observations. Par suite, ce moyen doit être écarté.

18. Il résulte de tout ce qui précède que les associations Agir pour la Crau, NACICCA et FNE 13 ne sont pas fondées à demander l’annulation de l’arrêté du 3 mars 2016.

Sur les frais d’instance :

19. Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce qu’une somme quelconque soit mise à la charge de la SAS CT Log International qui n’est pas la partie perdante dans la présente instance. Dans les circonstances de l’espèce, il n’y a pas lieu de mettre à la charge des associations Agir pour la Crau, NACICCA et FNE 13 le versement d’une somme à ce titre.

D É C I D E :

Article 1er : La demande présentée par les associations Agir pour la Crau, NACICCA et FNE 13 devant le tribunal administratif de Marseille est rejetée.

Article 2 : Le surplus des conclusions des parties est rejeté.

Article 3 : Le présent arrêt sera notifié à la société par actions simplifiée CT Log International, à l’association Agir pour la Crau, à l’association Nature et Citoyenneté Crau Camargue Alpilles et à l’association France Nature Environnement Bouches-du-Rhône.

Copie en sera adressée à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature et au préfet de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur et des Bouches-du-Rhône.

Délibéré après l’audience du 16 octobre 2026, à laquelle siégeaient :

– Mme Anne Menasseyre, présidente de chambre,

– Mme Aurélia Vincent, présidente de chambre assesseure,

– M. Flavien Cros, premier conseiller.

Rendu public par mise à disposition au greffe, le 6 novembre 2026.