Crédit d’impôt recherche : contestation des cotisations d’impôt sur les sociétés.

RÉPUBLIQUE FRANCAISE

AU NOM DU PEUPLE FRANCAIS

Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure :

La société Eveha Services Administration a demandé au tribunal administratif de Limoges de prononcer la décharge des cotisations supplémentaires d’impôt sur les sociétés auxquelles elle a été assujettie au titre des exercices clos en 2012, 2013, 2014 et 2015 en raison de la remise en cause des crédits d’impôt en faveur de la recherche de ces mêmes années, avec les intérêts moratoires prévus à l’article L. 208 du livre des procédures fiscales.

Par un jugement n° 2001970 du 3 octobre 2023, le tribunal administratif de Limoges a rejeté sa demande.

Procédure devant la cour :

Par une requête et des mémoires, enregistrés le 6 novembre 2023, le 23 juillet 2024 et le 7 avril 2025, la société Eveha Services Administration, représentée par Me Fraignieau, demande à la cour :

1. d’annuler ce jugement du tribunal administratif de Limoges du 3 octobre 2023 ;
2. de prononcer la décharge des cotisations supplémentaires d’impôt sur les sociétés auxquelles elle a été assujettie au titre des exercices clos en 2012, 2013, 2014 en raison de la remise en cause des crédits d’impôt en faveur de la recherche et d’enjoindre à l’administration de mettre en paiement la créance de crédit impôt recherche 2015 indûment retenue ;
3. de mettre à la charge de l’Etat la somme de 3 000 euros au titre des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

• le jugement est entaché d’un défaut de motivation, en violation de l’article L. 9 du code de justice administrative, dès lors que les premiers juges ont lapidairement prononcé une fin de non-recevoir de l’action de la société Eveha au titre du crédit d’impôt recherche de l’année 2015, en arguant de l’émission d’un avis de dégrèvement par le Service à hauteur d’un montant de 109 317 euros, alors que le litige portant sur le rejet de la créance déclarée de crédit d’impôt recherche 2015 était toujours d’actualité ;
• le jugement est irrégulier, les premiers juges n’ayant pas fait usage des pouvoirs qu’ils tiennent de l’article R. 611-10 du code de justice administrative et enjoint au service de produire la proposition de rectification du 27 février 2018 ; elle n’a jamais reçu les propositions de rectification auxquelles se réfèrent les premiers juges, qui ont été adressées à sa filiale ;
• le jugement est irrégulier en ce qu’il méconnait le régime de la preuve de l’article L. 192 du livre des procédures fiscales ;
• l’avis de mise en recouvrement méconnait les dispositions de l’article R. 256-1 du livre des procédures fiscales et de l’instruction référencée BOI-REC-PREA-10-10-20, dès lors d’une part, qu’aucune proposition de rectification en date du 27 février 2018, telle que visée par l’avis de mise en recouvrement, n’est intervenue à son encontre en matière d’impôt sur les sociétés et que, d’autre part, aucun élément ne justifie la mise en recouvrement de la somme cumulée de 243 947 euros au titre des crédits impôt recherche des années 2012 à 2015 ; l’administration fiscale ne pouvait pas mettre en recouvrement cette somme, dans la mesure où elle n’avait pas procédé à la mise en paiement intégral du crédit d’impôt recherche 2015 et avait suspendu, à ce titre, le paiement d’une somme de 109 317 euros, et seule une somme de 134 628 euros, représentant les redressements opérés au titre des crédit d’impôt recherche 2012 à 2014, avait vocation à figurer sur l’avis de mise en recouvrement contesté, en lieu et place de la somme de la somme de 243 947 euros couchée sur ledit avis de mise en recouvrement, étant rappelé que le montant de 109 317 euros était non-exigible ;
• les opérations de contrôle des programme 14 et 15 par les experts du MENESR ont un caractère irrégulier, dès lors que la lettre de nomination des experts du 4 avril 2016 ne visait que les années 2011 à 2014, et pas l’année 2015, qu’elle ne demandait des informations sur les travaux déclarés par la société que dans le cadre de fouilles archéologiques préventives, alors que les programmes 14 et 15 ne relèvent pas de ce type de travaux.

Par des mémoires en défense, enregistrés le 23 mai 2024, le 26 février 2025 et le 23 avril 2025, ce dernier mémoire n’ayant pas été communiqué, le ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique conclut au rejet de la requête et soutient que les moyens soulevés par la société requérante ne sont pas fondés.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

• le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;
• le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

• le rapport de Mme Frédérique Munoz-Pauziès,
• les conclusions de Mme Pauline Reynaud, rapporteure publique,
• et les observations de Me Fraignieau, représentant la société Eveha Services Administration.

Considérant ce qui suit :

1. La société Eveha Services Administration, en sa qualité de société mère d’un groupe fiscalement intégré, a déposé pour le compte de sa filiale, la société Eveha Études et Valorisations Archéologiques, bureau d’études et de recherches archéologiques, des demandes de remboursement des créances de crédit d’impôt recherche correspondant à des dépenses exposées en 2012, 2013, 2014 et 2015. Ces demandes ont été acceptées par le service à concurrence, pour chacune des années en cause, de 1 650 436 euros, 2 227 015 euros, 2 570 673 euros et 2 602 387 euros. À l’issue d’une première procédure de vérification visant les crédits d’impôt recherche des années 2012, 2013 et 2014, puis d’une seconde visant le crédit d’impôt recherche au titre de 2015, le service a remis en cause une partie des crédits remboursés à la société, correspondant à des dépenses de personnel, par des propositions de rectification du 23 décembre 2016 pour l’année 2012 et du 10 octobre 2017 pour les années 2013 et 2014, et rejeté la créance déclarée de crédit d’impôt recherche 2015 à hauteur de 109 317 euros, par proposition de rectification du 10 octobre 2017. La société Eveha Services Administration relève appel du jugement du 3 octobre 2023 par lequel le tribunal administratif de Limoges a rejeté sa demande tendant à la décharge des cotisations supplémentaires d’impôt sur les sociétés auxquelles elle a été assujettie au titre des exercices clos en 2012, 2013, 2014 et 2015.

Sur la régularité du jugement attaqué :

2. En premier lieu, aux termes de l’article L. 9 du code de justice administrative :  » Les jugements sont motivés « .

3. Le point 2 du jugement attaqué accueille une fin de non-recevoir opposée par l’administration fiscale, en relevant que, le 14 mars 2019, le service a prononcé d’office le dégrèvement total du supplément d’impôt relatif au crédit d’impôt recherche 2015 mis à la charge de la société requérante d’un montant de 109 317 euros et que, dès lors, en tant qu’elles tendent à obtenir la décharge des cotisations supplémentaires d’impôt sur les sociétés au titre de l’année 2015, les conclusions de la SAS requérante étaient sans objet à la date d’introduction de sa requête et par suite irrecevables. Aucune insuffisance de motivation n’entache sur ce point le jugement attaqué.

4. En deuxième lieu, la société requérante soutient que le dégrèvement prononcé le 14 mars 2019 n’a eu pour objet que de régulariser une erreur, dès lors que l’avis de mise en recouvrement portait sur la récupération de sommes au titre du crédit d’impôt recherche qui ne lui avaient pas été versées, mais que le litige portant sur le rejet de la créance déclarée de crédit d’impôt recherche 2015 était toujours d’actualité et que les conclusions au titre de 2015 n’étaient dès lors pas irrecevables. Il ressort toutefois de la lecture du jugement attaqué que les premiers juges ont bien statué sur les conclusions relatives au crédit d’impôt recherche au titre des dépenses de l’exercice 2015.

5. En troisième lieu, les premiers juges, qui ont relevé que la référence, dans l’avis de mise en recouvrement, à une proposition de rectification du 27 février 2018 n’était qu’une simple erreur matérielle, et que la requérante s’était vu notifier trois propositions de rectification en date des 10 octobre 2017 et 12 décembre 2017, n’étaient en tout état de cause nullement tenus de faire usage de leur pouvoir d’instruction pour demander à l’administration la communication d’une proposition de rectification du 27 février 2018. La circonstance que la société requérante n’a jamais reçu les propositions de rectification des 10 octobre 2017 et 12 décembre 2017 et que les premiers juges auraient commis une erreur en affirmant le contraire n’est susceptible d’avoir une influence que sur le bien-fondé de leur jugement et ne vicie pas sa régularité.

6. En quatrième lieu, la méconnaissance du régime de la preuve entache le bien fondé d’un jugement et est sans incidence sur sa régularité.

Sur la procédure de contrôle :

7. Le I de l’article 244 quater B du code général des impôts prévoit que les entreprises industrielles et commerciales ou agricoles imposées d’après leur bénéfice réel peuvent bénéficier d’un crédit d’impôt au titre des dépenses de recherche qu’elles exposent au cours de l’année. Aux termes de l’article L. 45 B du livre des procédures fiscales :  » La réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination des crédits d’impôt définis aux articles 244 quater B et 244 quater B bis du code général des impôts peut, sans préjudice des pouvoirs de contrôle de l’administration des impôts qui demeure seule compétente pour l’application des procédures de rectification, être vérifiée par les agents du ministère chargé de la recherche et de la technologie. « . L’article R. 45 B-1 du même livre dispose :  » I. – La réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination des crédits d’impôt mentionnés aux articles 244 quater B et 244 quater B bis du code général des impôts est vérifiée soit par un agent dûment mandaté par le directeur général pour la recherche et l’innovation, soit par un délégué régional académique à la recherche et à l’innovation ou, en Guyane, le délégué régional à la recherche et à la technologie ou un agent dûment mandaté par ce dernier. / L’intervention des agents du ministère chargé de la recherche peut résulter soit d’une initiative de ce ministère, soit d’une demande de l’administration des impôts dans le cadre d’un contrôle ou d’un contentieux fiscal. / II. – Dans le cadre de cette procédure, l’agent chargé du contrôle de la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses déclarées envoie à l’entreprise contrôlée une demande d’éléments justificatifs. L’entreprise répond dans un délai de trente jours, éventuellement prorogé de la même durée à sa demande. (…) L’agent chargé du contrôle peut se rendre sur place après l’envoi d’un avis de visite pour, notamment : a) Consulter les documents comptables prévus par les articles L. 123-12 à L. 123-28 du code du commerce ainsi que tous les documents annexes ou justificatifs, en vue de s’assurer de la réalité des dépenses affectées à la recherche ; / b) Effectuer toutes constatations matérielles, procéder à des vérifications techniques, en vue de s’assurer de la réalité de l’activité de recherche à laquelle les dépenses ont été affectées. (…) « .

8. Il résulte de l’instruction qu’en 2015, la société Etudes et valorisations archéologiques a fait l’objet d’une vérification ponctuelle de comptabilité portant sur les déclarations relatives au crédit impôt recherches des années 2012 à 2014. En 2016, une nouvelle vérification ponctuelle de comptabilité s’est déroulée au titre du crédit impôt recherches de l’année 2015. Par courriers des 22 décembre 2015 pour les années 2012 à 2014 et 30 juin 2016 pour l’année 2015, le service a demandé à la société de lui adresser un dossier justificatif des travaux de recherche et développement à fin d’expertise par les services du ministère de l’éducation nationale, de l’enseignement supérieur et de la recherche. Trois experts ont été mandatés en mars 2016, et le 4 avril 2016, une demande d’éléments justificatifs a été adressée à la société pour les années 2012 à 2014. Les éléments apportés par la société étant insuffisants, le ministère de la recherche a organisé le 9 novembre 2016 une réunion de concertation entre les experts et les représentants de la société, mais les nouveaux éléments apportés par la société ont une nouvelle fois été estimés insuffisants. Les experts ont établi un rapport différent pour chaque année en cause, et, en raison de l’insuffisance des informations transmises par la société, ont remis en cause l’éligibilité au crédit impôt recherches de certaines dépenses de personnel. Le service n’a admis l’éligibilité des dépenses de personnel pour les programmes de recherche 14  » analyse et modélisation des systèmes archéologiques  » et 15  » développement de la recherche à l’international  » qu’à concurrence de 64 % pour 2012, 35 % pour 2013, 36 % pour 2014, et aucune dépense de personnel n’a été admise au titre de l’année 2015. Dans son avis du 15 janvier 2019, le comité consultatif du crédit d’impôt pour dépenses de recherche a estimé qu’il ne pouvait  » que constater qu’il ne dispose pas des informations, faute pour la société d’avoir produit, tant à l’attention des experts désignés par le ministère chargé de la recherche, à l’époque à laquelle ils ont procédé à leur examen, que devant lui, préalablement à la séance, des éléments suffisants pour lui permettre de se prononcer, en toute connaissance de cause, sur l’affectation à la recherche des dépenses déclarées au titre des opérations des programmes 14 et 15 « .

9. La société requérante soutient que les opérations de contrôle des programmes 14 et 15 par les experts du ministère de la recherche se sont déroulées de façon irrégulière, dès lors que la lettre de nomination des experts du 4 avril 2016 d’une part, ne visait que les années 2011 à 2014, et pas l’année 2015, et d’autre part, ne portait que sur les travaux déclarés dans le cadre de fouilles archéologiques préventives, alors que les programmes 14 et 15 ne relèveraient pas de ce type de travaux. Il résulte toutefois de l’instruction que le courrier du 4 avril 2016 ne constitue pas la lettre de nomination et de mission des experts, mais une demande d’éléments justificatifs adressée par ces derniers à la société Etudes et valorisations archéologiques, ainsi que le prévoit le II de l’article R. 45 B-1 du livre des procédures fiscales. Aucune disposition de ce livre ne prescrit de règles de forme qui s’imposeraient, à peine de nullité de la procédure d’expertise, à cette demande d’éléments justificatifs. En tout état de cause, d’une part, à la date du 4 avril 2016, les experts n’étaient saisis que du crédit impôt recherches des années 2012 à 2014, et leur courrier ne pouvait donc mentionner l’année 2015 ; d’autre part, la société ne conteste pas que la procédure suivie et le rapport d’expertise rendu par les experts portaient bien sur les programmes de recherche 14  » analyse et modélisation des systèmes archéologiques  » et 15  » développement de la recherche à l’international « . Les moyens tirés de l’irrégularité de la procédure d’expertise doivent par suite être écartés.

Sur la procédure d’imposition :

10. Aux termes de l’article L. 256 du livre des procédures fiscales :  » Un avis de mise en recouvrement est adressé par le comptable public compétent à tout redevable des sommes, droits, taxes et redevances de toute nature dont le recouvrement lui incombe lorsque le paiement n’a pas été effectué à la date d’exigibilité. (…) « . Aux termes de l’article R. 256-1 du même livre :  » L’avis de mise en recouvrement prévu à l’article L. 256 indique pour chaque impôt ou taxe le montant global des droits, des pénalités et des intérêts de retard qui font l’objet de cet avis. / L’avis de mise en recouvrement mentionne également que d’autres intérêts de retard pourront être liquidés après le paiement intégral des droits. / Lorsque l’avis de mise en recouvrement est consécutif à une procédure de rectification, il fait référence à la proposition prévue à l’article L. 57 ou à la notification prévue à l’article L. 76 et, le cas échéant, au document adressé au contribuable l’informant d’une modification des droits, taxes et pénalités résultant des rectifications. / Lorsqu’en application des dispositions de l’article 223 A du code général des impôts ou de l’article 223 A bis du même code la société mère d’un groupe ou l’établissement public industriel et commercial qui s’est constitué seul redevable de l’impôt sur les sociétés dû sur l’ensemble des résultats d’un groupe est amené à supporter les droits et pénalités résultant d’une procédure de rectification suivie à l’égard d’un ou de plusieurs membres du groupe, l’administration adresse à cette société mère ou à cet établissement public, préalablement à la notification de l’avis de mise en recouvrement correspondant, un document l’informant du montant global par impôt des droits, des pénalités et des intérêts de retard dont elle ou il est redevable. L’avis de mise en recouvrement, qui peut être alors émis sans délai, fait référence à ce document. (…) « .

11. Il résulte de ces dispositions qu’alors même que la société mère d’un groupe fiscalement intégré s’est constituée seule redevable de l’impôt sur les sociétés dû sur le résultat d’ensemble déterminé par la somme algébrique des résultats de chacune des sociétés du groupe, celles-ci restent soumises à l’obligation de déclarer leurs résultats, et que c’est avec ces dernières que l’administration fiscale mène la procédure de vérification de comptabilité et de rectification, dans les conditions prévues aux articles L. 13, L. 47 et L. 57 du livre des procédures fiscales. Les rectifications ainsi apportées aux résultats déclarés par les sociétés membres du groupe constituent cependant les éléments d’une procédure unique conduisant d’abord à la correction du résultat d’ensemble déclaré par la société mère du groupe, puis à la mise en recouvrement des rappels d’impôt établis à son nom sur les rehaussements de ce résultat d’ensemble. L’information qui doit être donnée à la société mère avant la mise en recouvrement peut être réduite à une référence aux procédures de rectification qui ont été menées avec les sociétés membres du groupe et à un tableau chiffré qui en récapitule les conséquences sur le résultat d’ensemble, sans qu’il soit nécessaire de reprendre l’exposé de la nature, des motifs et des conséquences de chacun des chefs de rectification concernés.

12. L’avis de mise en recouvrement du 28 février 2019 adressé à la société Eveha services administration en sa qualité de société mère de la société Eveha Études et Valorisations Archéologiques fait référence à une proposition de rectification du 27 février 2018.

13. En premier lieu, la société requérante soutient qu’elle n’a jamais reçu cette proposition de rectification du 27 février 2018, ni les propositions de rectification des 10 octobre et 12 décembre 2017, qui n’ont été adressées qu’à sa filiale. Il résulte toutefois des règles rappelées aux points 6 et 7 ci-dessus que l’administration n’était pas tenue de lui adresser de proposition de rectification et pouvait se borner, comme elle l’a fait, à lui notifier un courrier du 27 février 2019 mentionnant le contrôle dont a fait l’objet sa filiale, accompagné d’un tableau récapitulatif des rectifications maintenues chez sa filiale et les sanctions correspondantes ainsi que la liste des rectifications qui ont une incidence sur le résultat d’ensemble, et d’un document récapitulant le montant des droits, pénalités et intérêts de retard dont elle était redevable suite à ce contrôle. Ces documents font état de la reprise du crédit d’impôt recherche des années 2012 à 2015, pour un montant total de 243 947 euros. Si la société requérante reprend en appel son moyen tiré de la circonstance que l’administration ne pouvait pas mettre en recouvrement la totalité de cette somme, dans la mesure où elle n’avait pas procédé au paiement intégral du crédit d’impôt recherche 2015, il résulte de l’instruction, ainsi qu’il a été dit au point 2 du présent arrêt, que le 14 mars 2019, le service a prononcé d’office le dégrèvement total du supplément d’impôt relatif au crédit d’impôt recherche 2015 mis à la charge de la société requérante d’un montant de 109 317 euros.

14. En deuxième lieu, la référence dans l’avis de mise en recouvrement litigieux, à une proposition de rectification du 27 février 2018, alors qu’ainsi qu’il vient d’être dit, le document informant la société requérante des rectifications en cause est un courrier du 27 février 2019, est une simple erreur matérielle n’ayant pas privé le contribuable de la possibilité de contester utilement ces impositions.

15. En troisième lieu, aux termes de l’article L. 80 A du livre des procédures fiscales :  » Il ne sera procédé à aucun rehaussement d’impositions antérieures si la cause du rehaussement poursuivi par l’administration est un différend sur l’interprétation par le redevable de bonne foi du texte fiscal et s’il est démontré que l’interprétation sur laquelle est fondée la première décision a été, à l’époque, formellement admise par l’administration. / Lorsque le redevable a appliqué un texte fiscal selon l’interprétation que l’administration avait fait connaître par ses instructions ou circulaires publiées et qu’elle n’avait pas rapportée à la date des opérations en cause, elle ne peut poursuivre aucun rehaussement en soutenant une interprétation différente. Sont également opposables à l’administration, dans les mêmes conditions, les instructions ou circulaires publiées relatives au recouvrement de l’impôt et aux pénalités fiscales « . Sont opposables à l’administration, dans les conditions prévues par le second alinéa de ce texte, les instructions ou circulaires publiées relatives à l’assiette ou au recouvrement de l’impôt, ainsi que celles relatives au bien-fondé ou au recouvrement des pénalités fiscales, mais non celles relatives à la procédure d’établissement de l’impôt, ni celles relatives à la procédure d’établissement des pénalités fiscales. Dès lors que l’avis de mise en recouvrement est l’acte par lequel l’administration établit sa créance sur le contribuable et rend celle-ci exigible, sans pour autant constituer un acte de poursuite, une instruction portant sur les mentions devant figurer sur l’avis de mise en recouvrement est relative à la procédure d’établissement de l’impôt ou des pénalités fiscales, et non au recouvrement de l’impôt.

16. Il s’ensuit que la société requérante ne peut utilement se prévaloir des dispositions contenues dans l’instruction référencée BOI-REC-PREA-10-10-20 sur l’avis de mise en recouvrement, qui est relative à la procédure d’établissement de l’impôt.

Sur l’éligibilité des dépenses de personnel au crédit d’impôt recherche :

17. L’article 1653 F du code général des impôts institue un comité consultatif des crédits d’impôt pour dépenses de recherche, chargé notamment de l’examen des litiges relatifs aux dépenses éligibles en application de l’article 244 quater B du code général des impôts. Aux termes de l’article L. 59 du livre des procédures fiscales :  » Lorsque le désaccord persiste sur les rectifications notifiées, l’administration, si le contribuable le demande, soumet le litige à l’avis (…) du comité consultatif prévu à l’article 1653 F du même code (…) « . Aux termes de l’article L. 192 du même livre :  » Lorsque l’une des commissions ou le comité mentionnés à l’article L. 59 (…) est saisi d’un litige ou d’une rectification, l’administration supporte la charge de la preuve en cas de réclamation, quel que soit l’avis rendu par la commission ou le comité. (…) « .

18. Pour remettre en cause l’éligibilité de certaines dépenses de personnel de la société Eveha Études et Valorisations Archéologiques, l’administration s’est fondée sur les rapports établis par les experts du ministère de la recherche en application des dispositions des articles L. 45 B et R. 45 B-1 du livre des procédures fiscales, lesquels relèvent que les éléments transmis par la société sont insuffisants pour permettre d’admettre l’éligibilité de ces dépenses. A défaut pour la société requérante de produire devant la cour, comme d’ailleurs devant le comité consultatif des crédits d’impôt pour dépenses de recherche et le tribunal administratif, la moindre justification relative à ces dépenses, l’administration apporte la preuve, qui lui incombe que les dépenses en cause ne sont pas éligibles au crédit d’impôt recherche.

19. Il résulte de tout ce qui précède que la société Eveha Services Administration n’est pas fondée à soutenir que c’est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif de Limoges a rejeté sa demande. Par voie de conséquence, il y a lieu de rejeter ses conclusions tendant au bénéfice des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

DECIDE :

Article 1er : La requête de la société Eveha Services Administration est rejetée.

Article 2 : Le présent arrêt sera notifié à la société Eveha Services Administration et au ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique.

Copie en sera adressée à la direction spécialisée de contrôle fiscal sud-ouest.

Délibéré après l’audience du 9 décembre 2025 à laquelle siégeaient :

• Mme Munoz-Pauziès, présidente,
• Mme Martin, présidente-assesseure,
• Mme Cazcarra, première conseillère,

Rendu public par mise à disposition au greffe le 13 janvier 2026.

La présidente-assesseure,

B. MARTIN

La présidente-rapporteure,

F. MUNOZ-PAUZIÈS

La greffière,

L. MINDINE

La République mande et ordonne au ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique en ce qui le concerne, et à tous commissaires de justice à ce requis, en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

N° 23BX02765