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Régime d’exonération fiscale : contestation et rétablissement des droits du contribuable

Mis à jour le Rédaction LegalPlanetSources officielles citées

La cour administrative d’appel a annulé la remise en cause d’un régime d’exonération d’impôt sur le revenu en raison d’une erreur de droit dans l’application des règles de détermination des bénéfices. Elle a également précisé que l’administration fiscale doit respecter les garanties procédurales du contribuable, même en invoquant un nouveau motif de droit.

Fiche d’analyse
Direction éditoriale : Maxence Abdelli — Expériences en cabinets internationaux (Clifford Chance, etc.), CAPA, double master Panthéon-Assas
Dernière mise à jour : 5 février 2026

L’essentiel

La cour administrative d’appel a annulé la remise en cause du régime d’exonération d’impôt sur le revenu en raison d’une erreur de droit dans l’application des règles de détermination des bénéfices. L’administration fiscale peut invoquer un nouveau motif de droit pour justifier l’imposition, mais cela ne doit pas priver le contribuable des garanties procédurales prévues par la loi. La cour a commis une erreur en considérant que la composition de la commission privait le contribuable de ces garanties.
Points clés
  • Annulation de la remise en cause d’exonération d’impôt sur le revenu
  • Erreur de droit dans l’application des règles de détermination des bénéfices
  • Administration fiscale peut invoquer un nouveau motif de droit
  • Garanties procédurales doivent être respectées pour le contribuable
  • Vérification de la compétence de la commission par le juge
  • Importance de respecter les droits procéduraux des contribuables

Contexte de l’affaire

Un administré a sollicité le tribunal administratif de Lyon pour obtenir la décharge des cotisations supplémentaires d’impôt sur le revenu et de contributions sociales qui lui avaient été imposées pour les années 2015, 2016 et 2017, ainsi que des pénalités associées. Le tribunal a rejeté sa demande par un jugement en date du 12 avril 2022. En appel, la cour administrative d’appel de Lyon a, le 21 décembre 2023, partiellement accueilli la requête de l’administré, annulant les cotisations supplémentaires d’impôt sur le revenu en raison de la remise en cause du régime d’exonération prévu par l’article 44 octies A du code général des impôts, tout en rejetant d’autres demandes.

Le ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique a ensuite formé un pourvoi devant le Conseil d’État, demandant l’annulation de l’arrêt de la cour administrative d’appel dans la mesure où il lui était défavorable, et le rejet de l’appel de l’administré. L’affaire a été examinée par le Conseil d’État, qui a constaté qu’une vérification de comptabilité de l’entreprise unipersonnelle à responsabilité limitée (EURL) SR24, dont l’administré est l’associé unique et gérant, avait conduit l’administration fiscale à rehausser les bénéfices imposables de l’EURL, remettant en cause le régime d’exonération.

Le Conseil d’État a relevé que la cour administrative d’appel avait commis une erreur de droit en refusant de substituer la base légale d’imposition demandée par l’administration, ce qui aurait pu priver l’administré de garanties procédurales. En conséquence, le Conseil d’État a annulé l’arrêt de la cour administrative d’appel et a renvoyé l’affaire à cette dernière pour qu’elle soit réexaminée.

Question juridique

La substitution de la base légale d’imposition par l’administration fiscale peut-elle priver le contribuable de ses garanties procédurales lors de la réévaluation de son imposition ?

Règle de droit & textes applicables

Textes cités
Article 44 octies A du code général des impôts, , Article L. 59 A du livre des procédures fiscales, Article 1651 du code général des impôts, Article 1651 A du code général des impôts, Article 348 de l’annexe III au code général des impôts
Conditions / critères (ce que le juge vérifie)
  • Erreur de droit dans l’application des règles de détermination des bénéfices.
  • Respect des garanties procédurales prévues par la loi pour le contribuable.
  • Possibilité pour l’administration d’invoquer un nouveau motif de droit sans priver le contribuable de ses droits.
  • Vérification par le juge si la substitution de base légale soulève des questions nouvelles.
  • Composition de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires et son impact sur les garanties procédurales.
  • Nature du différend persistant entre le contribuable et l’administration.

Réflexe juridique

La cour administrative d’appel a annulé la remise en cause du régime d’exonération d’impôt sur le revenu, en raison d’une erreur de droit dans l’application des règles de détermination des bénéfices. L’administration fiscale peut invoquer un nouveau motif de droit pour justifier l’imposition, mais cette substitution ne doit pas priver le contribuable des garanties procédurales prévues par la loi, notamment la possibilité de saisir la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires (article L. 59 et L. 59 A du livre des procédures fiscales). La cour a commis une erreur en considérant que la composition de la commission, qui avait statué sur le bénéfice industriel et commercial, privait le contribuable de garanties attachées à la nouvelle base légale envisagée. Il appartient au juge de vérifier si la substitution de base légale soulève des questions nouvelles entrant dans le champ de compétence de la commission. En l’espèce, la cour a annulé l’arrêt de la cour administrative d’appel, renvoyant l’affaire pour un nouvel examen. Cette décision souligne l’importance de respecter les droits procéduraux des contribuables lors de la réévaluation de leur imposition.

Preuves retenues (ce qui a fait pencher la décision)

  • Vérification de comptabilité de l’entreprise unipersonnelle à responsabilité limitée (EURL) SR24.
  • Remise en cause du régime d’exonération d’impôt sur les bénéfices prévu par l’article 44 octies A du code général des impôts.
  • Rehaussement des bénéfices de l’EURL dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux.
  • Demande de substitution de base légale d’imposition par l’administration fiscale.
  • Composition de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires.

Conséquences pratiques

Cette décision du Conseil d’État a des conséquences significatives pour les parties impliquées. D’une part, l’administration fiscale doit revoir sa position concernant l’imposition du contribuable, tandis que ce dernier bénéficie d’une nouvelle opportunité de défendre ses droits devant la cour administrative d’appel. La réévaluation de la situation pourrait également influencer les pratiques administratives futures en matière de garanties procédurales.

  • Réexamen de l’imposition par l’administration fiscale.
  • Possibilité pour le contribuable de soumettre de nouvelles preuves ou arguments.
  • Impact sur les pénalités initialement imposées.
  • Renforcement des droits procéduraux des contribuables dans des cas similaires.
  • Éventuelle modification des pratiques administratives concernant la composition des commissions.

Checklist (à faire / à éviter)

À faire

  • Vérifier la conformité de la comptabilité de l’EURL SR24.
  • Examiner les motifs de l’administration fiscale pour la remise en cause de l’exonération.
  • Préparer une contestation formelle si les garanties procédurales ne sont pas respectées.
  • Consulter un avocat fiscaliste pour évaluer les options de recours.
  • Suivre les délais de réponse à la commission des impôts directs.

À éviter

  • Ignorer les notifications de l’administration fiscale.
  • Ne pas respecter les délais de contestation.
  • Omettre de demander l’accès aux documents justificatifs.
  • Se précipiter dans une réponse sans analyse approfondie.
  • Éviter de négliger les implications de la substitution de base légale.

FAQ / Q-R juridiques

Quelle est la règle de droit applicable concernant la remise en cause du régime d’exonération d’impôt sur les bénéfices ?

La remise en cause du régime d’exonération d’impôt sur les bénéfices est régie par les dispositions de l’article 44 octies A du code général des impôts, qui prévoit un régime d’exonération en faveur des contribuables créant ou exerçant une activité en zone franche urbaine. Dans le cas présent, l’administration fiscale a rehaussé les bénéfices de l’entreprise unipersonnelle à responsabilité limitée (EURL) SR24, assujettissant ainsi le demandeur à des cotisations supplémentaires d’impôt sur le revenu et de contributions sociales.

Quels sont les critères de compétence de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires ?

La commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires intervient lorsque le désaccord porte sur le montant du résultat industriel et commercial, non commercial, agricole ou du chiffre d’affaires, déterminé selon un mode réel d’imposition, conformément à l’article L. 59 A du livre des procédures fiscales. Cette commission est instituée par l’article 1651 du code général des impôts, qui précise sa composition et son fonctionnement.

Quelle est la procédure à suivre lorsque l’administration fiscale invoque un nouveau motif de droit pour justifier l’imposition ?

Lorsque l’administration fiscale invoque un nouveau motif de droit pour justifier l’imposition, elle doit respecter les garanties de procédure prévues par la loi, notamment la possibilité pour le contribuable de demander la saisine de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires. Cette procédure est encadrée par les articles L. 59 et L. 59 A du livre des procédures fiscales, qui garantissent que le contribuable puisse soumettre son différend à cette commission.

Quels éléments déterminants ont conduit la cour administrative d’appel à annuler la substitution de base légale sollicitée par l’administration ?

La cour administrative d’appel a annulé la substitution de base légale sollicitée par l’administration en se fondant sur le fait que la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires avait siégé dans une composition qui ne garantissait pas au contribuable la possibilité de soumettre des questions nouvelles entrant dans le champ de compétence de la commission. La cour a considéré que cette circonstance privait le contribuable d’une garantie attachée à la nouvelle base légale envisagée, ce qui constitue une erreur de droit.

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Conseil d’État, 3ème – 8ème chambres réunies, 23/12/2025, 491806
Lecture du
mardi
23 décembre 2025
RapporteurMme Muriel Deroc / Rapporteur publicM. Thomas Pez-Lavergne

RÉPUBLIQUE FRANCAISE

AU NOM DU PEUPLE FRANCAIS

Vu la procédure suivante :

M. B… A… a demandé au tribunal administratif de Lyon de prononcer la décharge des cotisations supplémentaires d’impôt sur le revenu et de contributions sociales auxquelles il a été assujetti au titre des années 2015, 2016 et 2017, ainsi que des pénalités correspondantes. Par un jugement n° 2006735 du 12 avril 2022, ce tribunal a rejeté sa demande.

Par un arrêt n° 22LY01783 du 21 décembre 2023, la cour administrative d’appel de Lyon a, sur appel de M. A…, fait droit à ses conclusions en décharge des cotisations supplémentaires d’impôt sur le revenu auxquelles il a été assujetti au titre des années 2015, 2016 et 2017 à raison de la remise en cause du régime d’exonération de l’article 44 octies A du code général des impôts, ainsi que des pénalités correspondantes, réformé le jugement du tribunal administratif en ce qu’il avait de contraire, et rejeté le surplus des conclusions de sa requête.

Par un pourvoi, enregistré le 15 février 2024 au secrétariat du contentieux du Conseil d’Etat, le ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique demande au Conseil d’Etat :

  1. d’annuler cet arrêt en tant qu’il lui est défavorable ;
  2. réglant l’affaire au fond dans cette mesure, de rejeter l’appel de M. A….

Vu les autres pièces du dossier ;

Vu :

  • le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;
  • le code de justice administrative ;

Après avoir entendu en séance publique :

  • le rapport de Mme Muriel Deroc, maîtresse des requêtes,
  • les conclusions de M. Thomas Pez-Lavergne, rapporteur public ;

Considérant ce qui suit :

1. Il ressort des pièces du dossier soumis aux juges du fond qu’à la suite d’une vérification de comptabilité, portant sur les années 2015, 2016 et 2017, de l’entreprise unipersonnelle à responsabilité limitée (EURL) SR24, qui exerce une activité d’agent commercial dans la vente de tissu en gros et dont les bénéfices sont imposables à l’impôt sur le revenu entre les mains de son associé unique et gérant, M. A…, l’administration fiscale a, notamment, remis en cause le bénéfice du régime d’exonération d’impôt sur les bénéfices prévu par les dispositions de l’article 44 octies A du code général des impôts en faveur des contribuables créant ou exerçant une activité en zone franche urbaine. Elle a rehaussé les bénéfices de l’EURL dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux et assujetti en conséquence M. A… à des cotisations supplémentaires d’impôt sur le revenu et de contributions sociales, assorties de pénalités, au titre de ces trois années. Le ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique se pourvoit en cassation contre les articles 1er à 3 de l’arrêt du 21 décembre 2023 par lesquels la cour administrative d’appel de Lyon, après avoir relevé d’office un moyen tiré d’une erreur de catégorie d’imposition des bénéfices de l’EURL SR24 et refusé de faire droit à la demande de l’administration tendant à ce que soient substituées à la base légale d’imposition erronée du 1. de l’article 38 du code général des impôts les dispositions du 1. de l’article 92 du même code afin de permettre le maintien de l’imposition des bénéfices en litige à l’impôt sur le revenu entre les mains de M. A…, a prononcé la décharge des suppléments d’impôt sur le revenu assignés à celui-ci à raison de la remise en cause du bénéfice du régime de l’article 44 octies du code général des impôts et des pénalités correspondantes.

2. Aux termes du premier alinéa de l’ :  » Lorsque le désaccord persiste sur les rectifications notifiées, l’administration, si le contribuable le demande, soumet le litige à l’avis (…) de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires prévue à l’article 1651 du code général des impôts (…) « . Aux termes de l’article L. 59 A du même livre :  » I. – La commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires intervient lorsque le désaccord porte : / 1° Sur le montant du résultat industriel et commercial, non commercial, agricole ou du chiffre d’affaires, déterminé selon un mode réel d’imposition (…) « .

3. Aux termes de l’article 1651 du code général des impôts, dans sa rédaction alors applicable :  » Il est institué, dans le ressort de chaque tribunal administratif, une commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires. Elle est présidée par le président du tribunal administratif, par un membre de ce tribunal désigné par lui ou par un membre de la cour administrative d’appel désigné, à la demande du président du tribunal, par le président de la cour. Elle comprend en outre trois représentants des contribuables et deux représentants de l’administration ayant au moins le grade d’inspecteur divisionnaire. Pour les matières visées aux articles 1651 A et 1651 B, l’un des représentants des contribuables est un expert-comptable. / (…). « . Aux termes de l’article 1651 A du même code :  » I. – Pour la détermination du bénéfice industriel et commercial, et sous réserve des dispositions du II les représentants des contribuables sont désignés par les chambres de commerce et d’industrie ou les chambres de métiers et de l’artisanat compétentes dans le ressort du tribunal administratif. / (…) / Pour la détermination du bénéfice non commercial, les représentants des contribuables sont désignés par l’organisation ou l’organisme professionnel intéressé. / (…) / Les représentants des contribuables, autres que l’expert-comptable mentionné à l’article 1651, sont choisis parmi les professionnels de leur catégorie « . Aux termes de l’article 348 de l’annexe III à ce code, dans sa rédaction alors applicable :  » I. (…) / 2. La commission se réunit sur convocation de son président, qui arrête, pour chaque affaire, sa composition. / (…) « .

4. Si l’administration peut, à tout moment de la procédure, invoquer un nouveau motif de droit propre à justifier l’imposition, une telle substitution de base légale ne saurait avoir pour effet de priver le contribuable des garanties de procédure prévues par la loi compte tenu de la base légale substituée et notamment de la faculté, prévue par les articles L. 59 et L. 59 A du livre des procédures fiscales, de demander la saisine de la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires, lorsque celle-ci est compétente pour connaître du différend. Lorsque l’administration demande, devant le juge, que l’imposition, initialement fondée sur les dispositions régissant la détermination d’une catégorie de revenus soit maintenue en faisant application des dispositions régissant la détermination d’une autre catégorie de revenus, il appartient au juge de l’impôt de rechercher si, eu égard à la nature du différend qui persistait entre le contribuable et l’administration, l’application de règles différentes de détermination du bénéfice taxable soulève des questions entrant dans le champ de compétence de la commission que le contribuable n’aurait pas été en mesure de soumettre à son avis.

5. Pour refuser de faire droit à la substitution de base légale sollicitée par l’administration, qui entendait maintenir l’imposition en litige en déterminant les bénéfices de l’EURL SR24, soumis à l’impôt sur le revenu entre les mains de M. A…, par application des règles relatives aux bénéfices non commerciaux plutôt que de celles relatives aux bénéfices industriels et commerciaux, la cour s’est fondée sur ce que la seule circonstance que la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires, saisie à la demande de M. A…, avait siégé dans la composition prévue pour la détermination du bénéfice industriel et commercial, conformément à la base légale initialement retenue par l’administration, et non dans celle prévue pour la détermination du bénéfice non commercial avait pour effet de priver l’intéressé d’une garantie attachée à la nouvelle base légale envisagée. En statuant ainsi, alors que cette circonstance n’était pas, par elle-même, de nature à priver le contribuable de la garantie tenant à la possibilité de saisir la commission et qu’il lui appartenait de rechercher si la substitution sollicitée soulevait de questions nouvelles, entrant dans le champ de compétence de la commission, que le contribuable n’avait pas été en mesure de lui soumettre, la cour administrative d’appel a commis une erreur de droit. Par suite, et sans qu’il soit besoin de se prononcer sur les autres moyens du pourvoi, le ministre est fondé à demander l’annulation de l’arrêt qu’il attaque en tant qu’il lui est défavorable.

D E C I D E :

Article 1er : Les articles 1er, 2 et 3 de l’arrêt de la cour administrative d’appel de Lyon du 21 décembre 2023 sont annulés.

Article 2 : L’affaire est renvoyée, dans cette mesure, à la cour administrative d’appel de Lyon.

Article 3 : La présente décision sera notifiée à la ministre de l’action et des comptes publics et à M. B… A….

Délibéré à l’issue de la séance du 3 décembre 2025 où siégeaient : M. Pierre Collin, président adjoint de la section du contentieux, présidant ; M. Stéphane Verclytte, Mme Emilie Bokdam-Tognetti, présidents de chambre ; Mme Nathalie Escaut, M. Jonathan Bosredon, Mme Catherine Fischer-Hirtz, M. Philippe Ranquet, Mme Sylvie Pellissier, conseillers d’Etat et Mme Muriel Deroc, maîtresse des requêtes.

Rendu le 23 décembre 2025.

Le président :
Signé : M. Pierre Collin

La rapporteure :
Signé : Mme Muriel Deroc

La secrétaire :
Signé : Mme Elsa Sarrazin

ECLI:FR:CECHR:2025:491806.20251223

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🇫🇷 Point juridique LegalPlanet.pro rédigé à partir de cette décision de justice Conseil d’État, 3ème – 8ème chambres réunies, 23/12/2025, 491806 — Thématiques associées : Fiscalité — Rétablissement des droits — Paternité des données brutes : Ministère de la justice — Licence Open Data — Date de dernière mise à jour des données réutilisées 5 février 2026.

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