Autorisation environnementale contestée : vice de procédure et impact sur la biodiversité.

RÉPUBLIQUE FRANCAISE

AU NOM DU PEUPLE FRANCAIS

Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure :

L’association France nature environnement Seine-et-Marne et l’association France nature environnement Île-de-France ont demandé au tribunal administratif de Melun d’annuler l’arrêté du 1er décembre 2020 par lequel le préfet de Seine-et-Marne a délivré à l’établissement public territorial de bassin (EPTB) Seine Grands Lacs une autorisation environnementale pour la réalisation et l’exploitation d’un aménagement hydraulique et la réalisation d’actions de restauration écologique dit  » opération site pilote de la Bassée  » sur les territoires des communes de Balloy, Bazoche-lès-Bray, Châtenay-sur-Seine, Egligny, Gravon, Mousseux-lès-Bray, Montigny-Lencoup et La Tombe, toutes situées en Seine-et-Marne.

Par un jugement nos 2102118, 2102744 du 23 mai 2023, le tribunal administratif de Melun a rejeté leur demande.

Procédure devant la Cour :

Par une requête, enregistrée le 17 juillet 2023, l’association France nature environnement Seine-et-Marne et l’association France nature environnement Île-de-France, représentées par Me Ambroselli, demandent à la Cour :

1. d’annuler ce jugement ;
2. d’annuler l’arrêté du 1er décembre 2020 du préfet de Seine-et-Marne ;
3. de mettre à la charge de l’Etat une somme de 3 000 euros au titre des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutiennent que :

• leur requête est recevable ;
• l’arrêté contesté du 1er décembre 2020 est entaché d’un vice de procédure dès lors qu’elle n’a pas donné lieu à un débat public organisé par la commission nationale du débat public ; il est entaché d’un autre vice de procédure en ce que la durée de l’enquête publique était insuffisante ; en outre, la commission d’enquête n’a pas tenu compte des contributions du public et les réponses du maître d’ouvrage apportées aux questions de la commission d’enquête sont insuffisantes ;
• l’étude d’impact méconnaît les dispositions de l’article R. 122-5 du code de l’environnement dès lors qu’elle se limite à décrire les incidences environnementales du site pilote et non de l’ensemble du projet comprenant neuf autres casiers ; le scénario de référence n’est pas suffisamment approfondi en ce qui concerne le projet global ; le cumul des incidences du projet avec la mise en grand gabarit de la Seine entre Bray-sur-Seine et Nogent-sur-Seine n’est pas indiqué, en méconnaissance du e) du 4° du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement ;
• l’autorisation environnementale a été délivrée en méconnaissance des dispositions de l’article L. 211-1 du code de l’environnement dès lors que les mesures d’évitement, de réduction et de compensation des impacts du projet sont insuffisantes pour compenser l’impact qu’il aura sur l’environnement en phase d’exploitation ; la condition tenant à ce que la dérogation octroyée au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement ne doive pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle, n’est pas remplie dès lors que plusieurs des espèces protégées visées par la dérogation sont d’ores et déjà en danger d’extinction ;
• les travaux et actions de restauration écologiques prévus par l’arrêté du 1er décembre 2020 ne pouvaient être déclarés d’intérêt général dès lors que le projet du site pilote est susceptible d’entraîner la destruction d’aires de repos ou de reproduction et la destruction et la perturbation de 73 espèces animales protégées, sans que les mesures d’évitement, de réduction et de compensation ne permettent de garantir l’absence de perte nette de biodiversité.

Par un mémoire en défense, enregistré le 18 juillet 2024, le ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires conclut au rejet de la requête.

Il soutient que la requête est irrecevable et que les moyens soulevés ne sont pas fondés.

Par un mémoire en défense, enregistré le 25 juillet 2024, l’établissement public territorial de bassin Seine Grands Lacs (EPTB Seine Grands Lacs), représenté par la SCP Seban et associés, conclut au rejet de la requête et à ce qu’une somme de 3 000 euros soit mise à la charge de l’association FNE 77 et autre sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Il soutient qu’aucun des moyens invoqués par les associations n’est fondé.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

• le code de l’expropriation pour cause d’utilité publique ;
• le code de l’environnement ;
• le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

• le rapport de M. Pény,
• les conclusions de Mme Dégardin, rapporteure publique,
• les observations de Me Ambroselli pour les associations appelantes,
• et les observations de Me Du Rostu et de Me Gautier pour l’établissement public territorial de bassin Seine Grands Lacs.

Une note en délibéré, enregistrée le 5 décembre 2025, a été présentée par Me Ambroselli pour les associations appelantes.

Considérant ce qui suit :

1. Par un arrêté du 18 mai 2020, le préfet de Seine-et-Marne a prescrit l’ouverture d’une enquête publique relative au projet dit  » opération site pilote la Bassée  » consistant en la réalisation d’un espace endigué d’un périmètre de 7,9 kilomètres pour une surface d’environ 3,6 kilomètres carrés sur le territoire des communes de Balloy, Châtenay-sur-Seine, Egligny et Gravon, situées en Seine-et-Marne, en vue de réduire les crues de la Seine entre Montereau-Fault-Yonne et la confluence Seine-Oise en aval de Paris. L’établissement public territorial de bassin Seine Grands Lacs (EPTB Seine Grands Lacs) est le maître d’ouvrage du projet. Cette enquête publique portait également sur un projet de réalisation de sites de valorisation écologique sur le territoire des communes de Balloy, Bazoches-lès-Bray, Châtenay-sur-Seine, Gravon, La Tombe et Mousseaux-lès-Bray afin de restaurer des zones humides, des cours d’eau et le bon état des masses d’eau ainsi que de préserver des continuités écologiques, le patrimoine naturel et les paysages traditionnels. Cette opération s’inscrit dans un projet global de neuf espaces endigués, dits aussi casiers, situés sur le territoire de dix communes. A l’issue de l’enquête publique, qui s’est déroulée du mercredi 10 juin au vendredi 10 juillet 2020, la commission d’enquête a rendu, le 14 août 2020, un avis favorable. Par un arrêté du 1er décembre 2020, le préfet de Seine-et-Marne a délivré à l’établissement public territorial de bassin (EPTB) Seine Grands Lacs l’autorisation environnementale sollicitée pour la réalisation et l’exploitation d’un aménagement hydraulique et la réalisation d’actions de restauration écologique dans le cadre de l' » opération site pilote de la Bassée  » et a déclaré d’intérêt général les travaux et actions de restauration écologique compris dans cette opération. Par un arrêté du 15 décembre 2020, le préfet de Seine-et-Marne a déclaré d’utilité publique le projet. Par un courrier du 15 février 2021 dont il a été accusé réception le 17 février suivant, les associations France nature environnement Seine-et-Marne (FNE 77) et France nature environnement Île-de-France (FNE IDF) ont formé un recours gracieux contre cet arrêté qui a été rejeté par une décision du 9 mars 2021. Par un jugement n° 2102118 le tribunal administratif de Melun a rejeté leur demande tendant à l’annulation de cet arrêté. Par la présente requête, les associations relèvent appel de ce jugement.
2. Sur les conclusions à fin d’annulation :

En premier lieu, d’une part, aux termes de l’article L. 121-8 du code de l’environnement :  » I.- La Commission nationale du débat public est saisie de tous les projets d’aménagement ou d’équipement qui, par leur nature, leurs caractéristiques techniques ou leur coût prévisionnel, tel qu’il peut être évalué lors de la phase d’élaboration, répondent à des critères ou excèdent des seuils fixés par décret en Conseil d’Etat. (…)./ II.- Les projets appartenant aux catégories définies en application du I mais dont le coût prévisionnel est d’un montant inférieur au seuil fixé en application du I, et qui répondent à des critères techniques ou excèdent des seuils fixés par décret en Conseil d’Etat pour chaque nature de projet, sont rendus publics par leur maître d’ouvrage, qui en publie les objectifs et caractéristiques essentielles et indique sa décision de saisir ou de ne pas saisir la Commission nationale du débat public « . Aux termes de l’article R. 121-2 du même code, dans sa version applicable à la date des arrêtés contestés :  » Le tableau ci-après liste des catégories d’opérations relatives aux projets d’aménagement ou d’équipement dont la Commission nationale du débat public est saisie de droit en application du I de l’article L. 121-8 et celles relatives aux projets d’aménagement ou d’équipement rendus publics en application du II de l’article L. 121-8. « . Ce tableau précise en son point 8 que doivent être soumis au débat public les  » création de barrages hydroélectriques ou de barrages réservoirs  » d’un volume supérieur à 20 millions de mètres cubes et que peuvent être soumis au débat public, à l’initiative du pétitionnaire, les projets d’un volume supérieur à 10 millions de mètres cubes.

3. En deuxième lieu, aux termes du I de l’article L. 123-6 du code de l’environnement :  » Lorsque la réalisation d’un projet, plan ou programme est soumise à l’organisation de plusieurs enquêtes publiques dont l’une au moins en application de l’article L. 123-2, il peut être procédé à une enquête unique régie par la présente section (…) « . Et aux termes de l’article L. 123-9 du code de l’environnement :  » La durée de l’enquête publique est fixée par l’autorité compétente chargée de l’ouvrir et de l’organiser. Elle ne peut être inférieure à trente jours pour les projets, plans et programmes faisant l’objet d’une évaluation environnementale « . L’irrégularité de l’enquête publique n’est de nature à vicier la procédure et à entacher d’illégalité la décision prise à l’issue de l’enquête publique que si elle a pu avoir pour effet de nuire à l’information du public ou si elle a été de nature à exercer une influence sur cette décision.
4. Il ressort des pièces du dossier, notamment du rapport d’enquête publique, que celle-ci s’est déroulée sur une durée de trente-et-un jours, du 10 juin 2020 à 10 heures au 10 juillet 2020 à 17 heures, respectant ainsi la durée minimale prévue à l’article L. 123-9 du code de l’environnement. L’avis d’enquête publique a été publié à deux reprises dans deux journaux largement diffusés,  » La République de Seine-et-Marne  » les 25 mai et 15 juin 2020, et  » Le Parisien  » les 22 mai et 11 juin 2020, ainsi que sur le site de la préfecture de Seine-et-Marne et, par voie d’affichage, dans les douze mairies concernées par l’enquête et sur les lieux prévus pour la réalisation du projet conformément à l’article R. 123-11 du code de l’environnement. Contrairement à ce que soutiennent les associations, l’enquête publique indiquait sans ambiguïté qu’elle portait sur le site pilote de la Bassée et non pas sur le projet global d’aménagement de la Bassée comprenant neuf casiers. En outre, l’EPTB Seine Grands Lacs a procédé à la distribution d’un guide de seize pages intitulé  » Comprendre et participer à l’enquête publique « , donnant tous renseignements concernant le dossier et le déroulement de l’enquête publique dans 4 900 boites à lettres des douze communes concernées. Cette enquête s’est par ailleurs déroulée au cours de dix-huit permanences organisées dans les communes concernées, au cours desquelles 150 personnes ont été reçues. A cet égard, la circonstance que l’enquête publique se soit déroulée en période de pandémie de Covid-19 n’est pas de nature, en elle-même, à permettre de regarder cette durée comme insuffisante, alors que, selon le rapport de la commission d’enquête, 178 contributions ont été recueillies et plus de 450 observations ont été émises, témoignant ainsi de ce que les habitants concernés ont pu utilement faire valoir leurs observations, ce même rapport relevant du reste que la participation du public avait été importante. Enfin, s’il ressort des pièces du dossier que, par un communiqué de presse du 14 décembre 2018, soit près d’un an et demi avant l’enquête, la préfecture de la région Île-de-France avait annoncé une durée supérieure, en l’espèce de trois mois, cette annonce ne liait pas l’autorité administrative pour en fixer définitivement sa durée ni, en tout état de cause, n’a eu d’incidence sur le déroulement de celle-ci. Dans ces conditions, le moyen tiré de la durée insuffisante de l’enquête publique ne peut qu’être écarté.
5. En troisième lieu, aux termes de l’article L. 123-15 du code de l’environnement :  » Le commissaire enquêteur ou la commission d’enquête rend son rapport et ses conclusions motivées dans un délai de trente jours à compter de la fin de l’enquête. Si ce délai ne peut être respecté, un délai supplémentaire peut être accordé à la demande du commissaire enquêteur ou de la commission d’enquête par l’autorité compétente pour organiser l’enquête, après avis du responsable du projet. / Le rapport doit faire état des observations et propositions qui ont été produites pendant la durée de l’enquête ainsi que des réponses éventuelles du maître d’ouvrage. « . Aux termes de l’article R. 123-19 du même code :  » Le commissaire enquêteur ou la commission d’enquête établit un rapport qui relate le déroulement de l’enquête et examine les observations recueillies. / Le rapport comporte le rappel de l’objet du projet, plan ou programme, la liste de l’ensemble des pièces figurant dans le dossier d’enquête, une synthèse des observations du public, une analyse des propositions produites durant l’enquête et, le cas échéant, les observations du responsable du projet, plan ou programme en réponse aux observations du public. / Le commissaire enquêteur ou la commission d’enquête consigne, dans une présentation séparée, ses conclusions motivées, en précisant si elles sont favorables, favorables sous réserves ou défavorables au projet. (…) « . Si ces dispositions n’imposent pas à la commission d’enquête de répondre à chacune des observations présentées lors de l’enquête publique, elles l’obligent à indiquer en livrant ses conclusions, les raisons qui déterminent le sens de cet avis.
6. Il ressort des pièces du dossier que la commission d’enquête a examiné dans son rapport les observations formulées par le public, en en donnant la teneur, avant de formuler ses propres remarques et de leur apporter une réponse, notamment, contrairement à ce qui est soutenu par les associations appelantes, concernant l’impact du changement climatique sur le projet, en précisant qu’en tant que tel le site pilote n’avait pas pour objectif de répondre à la problématique de recrudescence des risques de sécheresse et de pénurie d’eau, n’étant pas un aménagement destiné à stocker de l’eau en permanence. De la même manière, s’agissant des observations relatives au financement du site pilote par l’EPTB, les commissaires enquêteurs ont apporté une réponse suffisamment détaillée concernant les engagements pris par l’établissement pour assurer un financement effectif du projet. S’agissant des observations exprimées relatives aux incidences du projet sur l’environnement, les autres aménagements possibles permettant une inondation naturelle de la Bassée, les risques de rupture de digue et la qualité des matériaux employés pour la construction des digues, il ressort de l’enquête publique que l’ensemble de ces sujets ont fait l’objet d’une réponse suffisamment circonstanciée, ainsi qu’il est notamment établi par le document intitulé  » conclusions de la commission d’enquête « , dont il ressort que la commission a motivé le sens de son avis au regard des observations effectuées au cours de l’enquête publique, des effets attendus du projet pour réduire les dommages causés par les crues de la Seine et des mesures prises par le maître d’ouvrage pour limiter son impact sur la biodiversité. Enfin, si la commission a également fait connaître les commentaires du maître d’ouvrage sur certaines observations soulevées par le public, elle s’est elle-même prononcée sur les observations recueillies au cours de l’enquête, sans qu’ait d’incidence sur la régularité de l’enquête la circonstance que les réponses de la commission et celles du maître d’ouvrage aient parfois été convergentes. Par suite, les associations appelantes ne sont pas fondées à soutenir que le rapport et les conclusions de la commission d’enquête méconnaissent les dispositions de l’article R. 123-9 du code de l’environnement.
7. En quatrième lieu, d’une part, aux termes de l’article L. 122-1 du code de l’environnement :  » (…) II.- Les projets qui, par leur nature, leur dimension ou leur localisation, sont susceptibles d’avoir des incidences notables sur l’environnement ou la santé humaine font l’objet d’une évaluation environnementale en fonction de critères et de seuils définis par voie réglementaire et, pour certains d’entre eux, après un examen au cas par cas. / (…) III.- L’évaluation environnementale est un processus constitué de l’élaboration, par le maître d’ouvrage, d’un rapport d’évaluation des incidences sur l’environnement, dénommé ci-après  » étude d’impact « , de la réalisation des consultations prévues à la présente section, ainsi que de l’examen, par l’autorité compétente pour autoriser le projet, de l’ensemble des informations présentées dans l’étude d’impact et reçues dans le cadre des consultations effectuées et du maître d’ouvrage. / L’évaluation environnementale permet de décrire et d’apprécier de manière appropriée, en fonction de chaque cas particulier, les incidences notables directes et indirectes d’un projet sur les facteurs suivants : / 1° La population et la santé humaine ; / 2° La biodiversité, en accordant une attention particulière aux espèces et aux habitats protégés au titre de la directive 92/43/ CEE du 21 mai 1992 et de la directive 2009/147/ CE du 30 novembre 2009 ; / 3° Les terres, le sol, l’eau, l’air et le climat ; / 4° Les biens matériels, le patrimoine culturel et le paysage ; / 5° L’interaction entre les facteurs mentionnés aux 1° à 4°. / Les incidences sur les facteurs énoncés englobent les incidences susceptibles de résulter de la vulnérabilité du projet aux risques d’accidents majeurs et aux catastrophes pertinents pour le projet concerné. (…) / V.- Lorsqu’un projet est soumis à évaluation environnementale, le dossier présentant le projet comprenant l’étude d’impact et la demande d’autorisation déposée est transmis pour avis à l’autorité environnementale ainsi qu’aux collectivités territoriales et à leurs groupements intéressés par le projet (…) / L’avis de l’autorité environnementale fait l’objet d’une réponse écrite de la part du maître d’ouvrage (…) « . Aux termes de l’article R. 122-5 du code de l’environnement, dans sa version applicable :  » I. – Le contenu de l’étude d’impact est proportionné à la sensibilité environnementale de la zone susceptible d’être affectée par le projet, à l’importance et la nature des travaux, installations, ouvrages, ou autres interventions dans le milieu naturel ou le paysage projetés et à leurs incidences prévisibles sur l’environnement ou la santé humaine. / Ce contenu tient compte, le cas échéant, de l’avis rendu en application de l’article R. 122-4 et inclut les informations qui peuvent raisonnablement être requises, compte tenu des connaissances et des méthodes d’évaluation existantes. / II. – En application du 2° du II de l’article L. 122-3, l’étude d’impact comporte les éléments suivants, en fonction des caractéristiques spécifiques du projet et du type d’incidences sur l’environnement qu’il est susceptible de produire : (…) / 2° Une description du projet, y compris en particulier : / – une description de la localisation du projet ; / – une description des caractéristiques physiques de l’ensemble du projet, y compris, le cas échéant, des travaux de démolition nécessaires, et des exigences en matière d’utilisation des terres lors des phases de construction et de fonctionnement ; / – une description des principales caractéristiques de la phase opérationnelle du projet, relatives au procédé de fabrication, à la demande et l’utilisation d’énergie, la nature et les quantités des matériaux et des ressources naturelles utilisés ; (…) / 3° Une description des aspects pertinents de l’état initial de l’environnement, et de leur évolution en cas de mise en œuvre du projet ainsi qu’un aperçu de l’évolution probable de l’environnement en l’absence de mise en œuvre du projet, dans la mesure où les changements naturels par rapport à l’état initial de l’environnement peuvent être évalués moyennant un effort raisonnable sur la base des informations environnementales et des connaissances scientifiques disponibles ; / 4° Une description des facteurs mentionnés au III de l’article L. 122-1 susceptibles d’être affectés de manière notable par le projet : la population, la santé humaine, la biodiversité, les terres, le sol, l’eau, l’air, le climat, les biens matériels, le patrimoine culturel, y compris les aspects architecturaux et archéologiques, et le paysage ; / 5° Une description des incidences notables que le projet est susceptible d’avoir sur l’environnement résultant, entre autres : (…) / d) Des risques pour la santé humaine, pour le patrimoine culturel ou pour l’environnement ; / e) Du cumul des incidences avec d’autres projets existants ou approuvés, en tenant compte le cas échéant des problèmes environnementaux relatifs à l’utilisation des ressources naturelles et des zones revêtant une importance particulière pour l’environnement susceptibles d’être touchées. (…) / f) Des incidences du projet sur le climat et de la vulnérabilité du projet au changement climatique ; / (…) 7° Une description des solutions de substitution raisonnables qui ont été examinées par le maître d’ouvrage, en fonction du projet proposé et de ses caractéristiques spécifiques, et une indication des principales raisons du choix effectué, notamment une comparaison des incidences sur l’environnement et la santé humaine ; (…) « .
8. D’autre part, aux termes de l’article L. 122-1-1 du code de l’environnement :  » III.- Les incidences sur l’environnement d’un projet dont la réalisation est subordonnée à la délivrance de plusieurs autorisations sont appréciées lors de la délivrance de la première autorisation. / Lorsque les incidences du projet sur l’environnement n’ont pu être complètement identifiées ni appréciées avant l’octroi de cette autorisation, le maître d’ouvrage actualise l’étude d’impact en procédant à une évaluation de ces incidences, dans le périmètre de l’opération pour laquelle l’autorisation a été sollicitée et en appréciant leurs conséquences à l’échelle globale du projet. En cas de doute quant à l’appréciation du caractère notable de celles-ci et à la nécessité d’actualiser l’étude d’impact, il peut consulter pour avis l’autorité environnementale. Sans préjudice des autres procédures applicables, les autorités mentionnées au V de l’article L. 122-1 donnent un nouvel avis sur l’étude d’impact ainsi actualisée, dans le cadre de l’autorisation sollicitée. / L’étude d’impact, accompagnée de ces avis, est soumise à la participation du public par voie électronique prévue à l’article L. 123-19 lorsque le projet a déjà fait l’objet d’une enquête publique, sauf si des dispositions particulières en disposent autrement ».
9. Les associations appelantes soutiennent que l’étude d’impact initiale devait évaluer l’ensemble des incidences notables du projet sur l’environnement, sans se limiter à décrire les incidences environnementales du site pilote mais au regard de l’ensemble du projet global. Elles soutiennent également que l’étude d’impact n’analyse pas suffisamment les effets cumulés des deux projets, au sens des dispositions précitées du e) du 5°du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement applicables en l’espèce, cette analyse devant être proportionnée à la sensibilité exceptionnelle de la zone humide concernée la plus riche en biodiversité de la région Île-de-France et constituant l’habitat de 134 espèces animales protégées.
10. D’une part, si l’autorisation environnementale contestée porte exclusivement sur le site pilote de la Bassée, constitué d’un ouvrage d’une capacité de stockage de 10 millions de mètres cubes et localisé sur les communes de Balloy, Chatenay-sur-Seine, Egligny et Gravon, sur une surface totale de 374 hectares, elle s’inscrit cependant dans un projet global de création de neuf casiers, correspondant à autant de site de retenues d’eau, de sorte que l’étude d’impact devait porter sur l’ensemble du projet projeté. Il résulte de l’instruction que l’étude d’impact a effectivement porté sur le projet global dit  » projet de la Bassée « , composé d’un ensemble de neuf casiers ayant pour objet de diminuer la ligne d’eau de la Seine en période de crue et, ainsi, de prévenir les dommages causés aux personnes et aux biens et, de manière plus précise, sur le casier n° 5 dit  » casier pilote  » sur lequel porte l’autorisation environnementale en litige. Il ressort de l’étude d’impact que le projet global est décrit dans le tome 2 de la pièce E2  » projet global  » et que sont présentés l’état actuel de l’environnement et les facteurs susceptibles d’être affectés par le projet, un scénario de référence et l’évolution probable de l’environnement, une analyse de ses impacts notables sur l’environnement et les mesures prises pour éviter, réduire ou compenser ces impacts, une analyse de l’impact cumulé du projet avec d’autres projets connus et une description des solutions de substitutions raisonnables envisagées. Contrairement à ce qui est soutenu par les associations appelantes, qui se bornent à indiquer que l’étude d’impact ne porterait que sur le site pilote, l’étude fait non seulement référence au site pilote mais également aux autres espaces endigués, en répertoriant les incidences possibles sur les milieux naturels et les espèces protégées, et en y assignant un niveau de risque, de faible à très fort, de sorte que les incidences possibles sont effectivement répertoriées. Il en va de même des mesures de réduction des impacts et, le cas échéant, de compensation, qui sont envisagés pour l’ensemble des sites endigués. Dès lors que l’étude d’impact porte sur la globalité du projet mais que la date de réalisation de l’ensemble du projet n’était pas connue à la date de la décision contestée et que la configuration du projet pouvait être amenée à évoluer au regard des enseignements tirés de la réalisation du site pilote, cette étude n’avait pas à faire l’objet d’un degré de précision identique à celle portant sur le casier pilote. Ainsi que l’ont souligné le maître d’ouvrage lui-même dans le dossier soumis à enquête publique et l’autorité environnementale dans son avis émis le 12 mars 2020, cette étude aura vocation à être actualisée, complétée et précisée lors des demandes d’autorisation ultérieures propres aux autres casiers composant le projet, ainsi qu’il est prévu par les dispositions du III de l’article L. 122-1-1 du code de l’environnement. Par suite, le moyen tiré de ce que l’étude d’impact ne décrit pas suffisamment l’état initial de l’environnement ni les effets cumulés du projet, y compris de façon globale, ne peut qu’être écarté.
11. D’autre part, contrairement à ce qui est soutenu par les associations appelantes, une analyse de l’impact cumulé des incidences du projet avec le projet  » canal Bray-Nogent  » en ce qui concerne l’écoulement des eaux et les inondations, figure dans l’étude d’impact. Ainsi, l’étude d’impact tient compte du projet  » canal Bray-Nogent  » qui vise à augmenter le gabarit de navigation de la Seine sur une distance de 28,5 kilomètres en amont du barrage écluse de la Grande Bosse à proximité immédiate du projet. Sur le fondement d’études hydrauliques et hydrogéologiques également jointes au dossier d’enquête publique, l’étude d’impact, au point 5.2 ainsi qu’en annexe M, indique que le cumul des effets des deux projets sera nul en matière hydraulique, notamment dès lors que les effets des deux projets ne se cumulent pas sur le périmètre du projet de canal Bray-Nogent, et limité à une zone d’impact de 40 hectares, en matière hydrogéologique, et qu’il n’y a pas lieu en conséquence de prévoir des mesures spécifiques à la rectification du cumul des impacts des deux projets. S’agissant des impacts cumulés sur le milieu naturel, l’étude indique que les habitats touchés par les deux projets étant assez différents, les impacts cumulés sur les habitats et espèces sont relativement limités et que les impacts cumulés pourraient être plus importants en cas d’incidence significative sur les niveaux de nappe et sur les niveaux d’inondation, en particulier dans la partie amont du site de La Bassée. La mission régionale d’évaluation environnementale n’a, au demeurant, émis aucune observation sur l’insuffisance du dossier sur ce point. Si le conseil national de protection de la nature a quant à lui émis un avis défavorable, ce n’est pas du fait de l’insuffisance de la description des impacts cumulés des projets en matière de crues de la Seine, cette instance relevant au contraire  » la grande qualité de l’étude réalisée « , mais en raison de mesures compensatoires jugées insuffisantes. Par suite, les associations ne sont pas fondées à soutenir que l’étude d’impact ne décrivait pas suffisamment les effets cumulés du projet en litige avec le projet  » canal Bray-Nogent « .
12. En sixième lieu, l’article L. 411-1 du code de l’environnement prévoit, lorsque les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation d’espèces animales non domestiques, l’interdiction de  » 1° La destruction ou l’enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d’animaux de ces espèces ou, qu’ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat / 2° La destruction, la coupe, la mutilation, l’arrachage, la cueillette ou l’enlèvement de végétaux de ces espèces, de leurs fructifications ou de toute autre forme prise par ces espèces au cours de leur cycle biologique, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat, la détention de spécimens prélevés dans le milieu naturel ; / 3° La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces (…) « . Le I de l’article L. 411-2 du même code renvoie à un décret en Conseil d’Etat la détermination des conditions dans lesquelles sont fixées, notamment :  » 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l’article L. 411-1, à condition qu’il n’existe pas d’autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l’autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : (…) / c) Dans l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ; (…) « . Aux termes du premier alinéa de l’article 1er de l’arrêté du ministre de l’agriculture et de la pêche et de la ministre de l’écologie et du développement durable du 19 février 2007 fixant les conditions de demande et d’instruction des dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement portant sur des espèces de faune et de flore sauvages protégées :  » Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement portant sur des espèces de faune et de flore sauvages protégées sont, sauf exceptions mentionnées aux articles 5 et 6, délivrées par le préfet du département du lieu de l’opération pour laquelle la dérogation est demandée (…) « . Aux termes de son article 4 :  » La décision précise : / (…) / En cas d’octroi d’une dérogation et, en tant que de besoin, en fonction de la nature de l’opération projetée, les conditions de celle-ci, notamment :/ (…) / – nombre et sexe des spécimens sur lesquels porte la dérogation (…) ».
13. Pour apprécier si le projet ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle, il appartient à l’autorité administrative, sous le contrôle du juge, de déterminer, dans un premier temps, l’état de conservation des populations des espèces concernées et, dans un deuxième temps, les impacts géographiques et démographiques que les dérogations envisagées sont susceptibles de produire sur celui-ci compte tenu notamment, des mesures d’évitement, réduction et compensation proposées par le pétitionnaire et de l’état de conservation des espèces concernées.
14. Les associations appelantes critiquent l’insuffisance des mesures compensatoires prises par l’arrêté du 1er décembre 2020, en particulier s’agissant de la destruction d’aires de repos ou de reproduction et la destruction ou la perturbation de 73 espèces animales protégées, dont certaines quasi-menacées, et sans que soit garantie une absence de perte nette de biodiversité. Elles soutiennent également qu’il n’est pas possible de garantir un état de conservation favorable des espèces visées par la dérogation prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement.
15. D’une part, en l’absence de toute argumentation nouvelle en appel concernant le caractère suffisant des mesures compensatoires prises pour garantir un état de conservation favorable des espèces visées par la dérogation litigieuse, il y a lieu d’écarter ce moyen, par adoption des motifs des points 35, 49 et 50 du jugement attaqué.
16. D’autre part, s’agissant de la dérogation en cause, si les associations soutiennent que le projet est de nature à remettre en cause l’état de conservation de plusieurs espèces classées ou quasi-menacées, il n’est fait référence qu’à la population des blongios nains, qui ne comprend que vingt couples en Ile-de-France, et dont elles estiment que la destruction d’un couple des derniers couples de cette espèce ou, en tout état de cause, de son habitat, est de nature à remettre en cause la pérennité de cette espèce. Toutefois, il ressort de l’étude d’impact, que si l’impact du projet est possible sur les blongios nains, qualifiée d’espèce à  » enjeu fort « , des mesures de restauration des zones d’habitats ouverts humides sont prévues sur une surface d’aménagement proposé de 22,8 hectares, ces mesures étant ensuite déclinées plus précisément pour chacune des actions proposées, et alors en outre que l’aire de répartition naturelle peut correspondre à l’ensemble des surfaces terrestres ou aquatiques qu’une espèce migratrice habite, fréquente temporairement, traverse ou survole à un moment quelconque le long de son itinéraire habituel de migration. Il ressort par ailleurs de l’étude d’impact qu’en 2014, au moins cinq couples de blongios nains ont été recensés dont trois sur les espaces endigués 7 et 8 et un sur l’espace endigué 4 et le site pilote, cette espèce n’étant présente que de manière occasionnelle. Cette même étude indique que la mise en eau du site pilote devait être bénéfique pour plusieurs espèces peu fréquentes, dont les blongios nains et que des mesures compensatoires seront mises en œuvre pour rendre l’habitat plus favorable à la nidification de cette espèce (création de formations hélophytiques en pied de digue dans le site pilote, restauration de zones humides en dehors du site pilote). A cet égard, ni l’autorité environnementale ni le conseil national pour la nature n’ont émis de réserves sur cette espèce. Par suite, il n’est pas établi que la dérogation en cause aurait pour effet d’aggraver l’état de conservation défavorable des blongios nains.
17. En septième lieu, les associations appelantes soutiennent que l’intérêt général du projet, lequel doit être apprécié dans son ensemble, n’est pas établi. D’une part, ainsi qu’il a été dit, les mesures compensatoires projetées concernent tant le site  » site pilote  » que les autres sites ayant vocation à être endigués. D’autre part, ainsi qu’il a été dit au point précédent, en se bornant à soutenir que le projet serait de nature à remettre en cause l’état de conservation de plusieurs espèces classées ou quasi-menacées, en particulier pour les blongios nains, alors que les mesures citées au point précédent, et non sérieusement contestées, devraient, selon l’étude d’impact, être bénéfiques pour plusieurs espèces peu fréquentes, les associations appelantes ne démontrent pas que l’intérêt général des travaux et actions de restauration écologique compris dans le cadre de la conduite de  » l’opération site pilote de la Bassée « , laquelle s’intègre au projet global visant à réduire les dommages causés par les crues de la Seine et l’aléa d’inondation en Ile-de-France, permettant notamment de diminuer la hauteur d’eau de 3 à 15 centimètres à Paris et en petite couronne en cas d’inondation, ne serait pas établi.
18. En dernier lieu, si les associations appelantes soutiennent que les travaux et actions de restauration écologiques prévus par l’arrêté du 1er décembre 2020 ne pouvaient être déclarés d’intérêt général dès lors que le projet du site pilote est susceptible d’entraîner la destruction d’aires de repos ou de reproduction et la destruction et la perturbation de soixante-treize espèces animales protégées, sans que les mesures d’évitement, de réduction et de compensation ne permettent de garantir l’absence de perte nette de biodiversité, il résulte au contraire de ce qui a été dit aux points 18 et 19 que de telles mesures doivent être regardées comme suffisantes pour garantir un état de conservation favorable des espèces concernées. Le moyen tiré de ce que ces travaux ne présentent pas un caractère d’intérêt général ne peut donc qu’être écarté.
19. Il résulte de tout ce qui précède que les associations appelantes ne sont pas fondées à soutenir que c’est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif de Melun a rejeté leurs conclusions dirigées contre l’arrêté du 1er décembre 2020 par lequel le préfet de Seine-et-Marne a délivré à l’établissement public territorial de bassin Seine Grands Lacs une autorisation environnementale pour la réalisation et l’exploitation d’un aménagement hydraulique et la réalisation d’actions de restauration écologique dit  » opération site pilote de la Bassée « .

Sur les frais liés au litige :

Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mise à la charge de l’Etat, qui n’est pas la partie perdante dans la présente instance, la somme que les requérants demandent au titre des frais exposés et non compris dans les dépens. Il y a lieu, en revanche, de mettre à la charge des associations les sommes de 1 000 euros chacune à verser à l’établissement public territorial de bassin Seine-Grands-Lacs.

D É C I D E :

Article 1er : La requête de l’association France nature environnement Seine-et-Marne et de l’association France nature environnement Ile-de-France est rejetée.

Article 2 : Les associations France nature environnement Seine-et-Marne et France nature environnement Ile-de-France verseront chacune les sommes de 1 000 euros à l’établissement public territorial de bassin Seine-Grands-Lacs.

Article 3 : Le présent arrêt sera notifié à l’association France nature environnement Seine-et-Marne, à l’association France nature environnement Ile-de-France, à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature et à l’établissement public territorial de bassin Seine-Grands-Lacs.

Copie en sera adressée au préfet de Seine-et-Marne.

Délibéré après l’audience du 2 décembre 2025, à laquelle siégeaient :

• M. Delage, président de chambre,
• Mme Julliard, présidente-assesseure,
• M. Pény, premier conseiller.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 19 décembre 2025.

Le rapporteur, A. PENY

Le président, Ph. DELAGE

Le greffier, E. MOULIN

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

N° 23PA03118